MoSDeF Cassandra: A complete Python interface for the Cassandra Monte Carlo software
MoSDeF Cassandra: A complete Python interface for the Cassandra Monte Carlo software
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MoSDeF Cassandra：Cassandra Monte Carlo 软件的完整 Python 接口
DOI：
10.1002/jcc.26544
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发表时间：
2021
影响因子：
3
通讯作者：
Maginn, Edward J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
DeFever, Ryan S.;Matsumoto, Ray A.;Dowling, Alexander W.;Cummings, Peter T.;Maginn, Edward J.
介绍了Cassandra蒙特卡罗软件的新接口--分子模拟设计框架(MoSDeF)。MoSDeF Cassandra提供简化的用户界面，提供与其他分子模拟代码更广泛的互操作性，支持构建可编程和可重复的分子模拟工作流程，并构建高通量蒙特卡罗研究所需的基础设施。MoSDeF Cassandra的许多功能都是通过与MoSDeF的紧密集成实现的。我们讨论了MoSDeF Cassandra的动机和设计，并接着演示了简单的用例和更复杂的工作流程，包括在多孔介质中的吸附和计算石墨烯狭缝孔中横向扩散系数的分子动力学-蒙特卡罗相结合的工作流程。本文提供的示例演示了如何将相对复杂的模拟工作流简化为最多几个可进行版本控制并与其他研究人员共享的Python代码文件。我们相信，这一范式将使研究取得更快的进展，并代表着分子模拟的未来。
We introduce a new Python interface for the Cassandra Monte Carlo software, molecular simulation design framework (MoSDeF) Cassandra. MoSDeF Cassandra provides a simplified user interface, offers broader interoperability with other molecular simulation codes, enables the construction of programmatic and reproducible molecular simulation workflows, and builds the infrastructure necessary for high‐throughput Monte Carlo studies. Many of the capabilities of MoSDeF Cassandra are enabled via tight integration with MoSDeF. We discuss the motivation and design of MoSDeF Cassandra and proceed to demonstrate both simple use‐cases and more complex workflows, including adsorption in porous media and a combined molecular dynamics – Monte Carlo workflow for computing lateral diffusivity in graphene slit pores. The examples presented herein demonstrate how even relatively complex simulation workflows can be reduced to, at most, a few files of Python code that can be version‐controlled and shared with other researchers. We believe this paradigm will enable more rapid research advances and represents the future of molecular simulations.
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DOI：
10.1016/j.cpc.2017.07.025
发表时间：
2017-12
期刊：
Comput. Phys. Commun.
影响因子：
--
作者：
Gábor Rutkai;Andreas Köster;G. Guevara-Carrión;T. Janzen;Michael Schappals;Colin W. Glass;M. Bernreuther;Amer Wafai;S. Stephan;M. Kohns;Steffen Reiser;Stephan Deublein;M. Horsch;Hans Hasse;J. Vrabec
通讯作者：
Gábor Rutkai;Andreas Köster;G. Guevara-Carrión;T. Janzen;Michael Schappals;Colin W. Glass;M. Bernreuther;Amer Wafai;S. Stephan;M. Kohns;Steffen Reiser;Stephan Deublein;M. Horsch;Hans Hasse;J. Vrabec
影响因子：
3.4
作者：
Younes Nejahi;M. S. Barhaghi;J. Mick;B. Jackman;Kamel Rushaidat;Yuanzhe Li;L. Schwiebert;J. Potoff
通讯作者：
Younes Nejahi;M. S. Barhaghi;J. Mick;B. Jackman;Kamel Rushaidat;Yuanzhe Li;L. Schwiebert;J. Potoff
影响因子：
4.4
作者：
Limmer, David T.;Chandler, David
通讯作者：
Chandler, David
影响因子：
3.3
作者：
Uhrin, Martin;Huber, Sebastiaan P.;Pizzi, Giovanni
通讯作者：
Pizzi, Giovanni
各种应用的聚合物热物理性质的高通量分子动力学模拟和验证
影响因子：
5
作者：
M. A. F. Afzal;A. Browning;A. Goldberg;M. Halls;J. Gavartin;T. Morisato;Thomas Hughes;D. Giesen;Joseph E. Goose
通讯作者：
Joseph E. Goose