Reptilian-transcriptome v1.0, a glimpse in the brain transcriptome of five divergent Sauropsida lineages and the phylogenetic position of turtles.
Reptilian-transcriptome v1.0, a glimpse in the brain transcriptome of five divergent Sauropsida lineages and the phylogenetic position of turtles.
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DOI：
10.1186/2041-9139-2-19
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发表时间：
2011-09-26
期刊：
影响因子：
4.1
通讯作者：
Milinkovitch MC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tzika AC;Helaers R;Schramm G;Milinkovitch MC
爬行动物在比较基因组学中的代表性很大程度上是偏低的，尽管它们在许多方面比哺乳动物要多样化得多。鉴于爬行动物与经典模式物种的高度差异，对它们的转录本进行下一代测序是基因识别和注释的一种选择方法。在这里，我们使用454技术对四种不同的爬行动物和一种参考鸟类的大脑转录组进行了测序：尼罗河鳄鱼、玉米蛇、胡子龙、红耳龟和鸡。使用内部管道对来自7个参考脊椎动物的多个数据库进行递归相似性搜索，我们编制了爬行动物比较转录组学数据库，每个物种的同源性分配为20,000到31,000个转录本，累积的非冗余序列长度为248.6个碱基。我们的方法识别了大多数(87%)鸡脑转录本和大约50%的从头组装的爬行动物转录本。除了57,502个微卫星座位外，我们还鉴定了数千个SNP和Indel多态，用于群体遗传和连锁分析。我们还为Sauropsida和哺乳动物(每个物种有200万个残基)建立了非常大的多重比对，并进行了广泛的系统发育分析，表明海龟不是基本的现存爬行动物，而是与始祖龙有关，因此，可能回答了羊膜动物系统发育中的一个长期存在的问题。爬行动物转录组(可在http://www.reptilian-transcriptomes.org)上免费获得)将被证明是一种有用的新资源，因为爬行动物正在成为比较基因组学、生态学和进化发育遗传学的重要新模式。
Reptiles are largely under-represented in comparative genomics despite the fact that they are substantially more diverse in many respects than mammals. Given the high divergence of reptiles from classical model species, next-generation sequencing of their transcriptomes is an approach of choice for gene identification and annotation. Here, we use 454 technology to sequence the brain transcriptome of four divergent reptilian and one reference avian species: the Nile crocodile, the corn snake, the bearded dragon, the red-eared turtle, and the chicken. Using an in-house pipeline for recursive similarity searches of >3,000,000 reads against multiple databases from 7 reference vertebrates, we compile a reptilian comparative transcriptomics dataset, with homology assignment for 20,000 to 31,000 transcripts per species and a cumulated non-redundant sequence length of 248.6 Mbases. Our approach identifies the majority (87%) of chicken brain transcripts and about 50% of de novo assembled reptilian transcripts. In addition to 57,502 microsatellite loci, we identify thousands of SNP and indel polymorphisms for population genetic and linkage analyses. We also build very large multiple alignments for Sauropsida and mammals (two million residues per species) and perform extensive phylogenetic analyses suggesting that turtles are not basal living reptiles but are rather associated with Archosaurians, hence, potentially answering a long-standing question in the phylogeny of Amniotes. The reptilian transcriptome (freely available at http://www.reptilian-transcriptomes.org) should prove a useful new resource as reptiles are becoming important new models for comparative genomics, ecology, and evolutionary developmental genetics.
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影响因子：
3.4
作者：
Hao L;Ge X;Wan H;Hu S;Lercher MJ;Yu J;Chen WH
通讯作者：
Chen WH
影响因子：
4.4
作者：
Babik, Wieslaw;Stuglik, Michal;Radwan, Jacek
通讯作者：
Radwan, Jacek
影响因子：
4.4
作者：
Chapus C;Edwards SV
通讯作者：
Edwards SV
通过454转录组测序发现SNP。
影响因子：
7.2
作者：
Barbazuk, W Brad;Emrich, Scott J;Chen, Hsin D;Li, Li;Schnable, Patrick S
通讯作者：
Schnable, Patrick S
DOI：
10.1093/bioinformatics/btp348
发表时间：
2009-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Capella-Gutiérrez S;Silla-Martínez JM;Gabaldón T
通讯作者：
Gabaldón T