Implementation of the riding hydrogen model in CCTBX to support the next generation of X-ray and neutron joint refinement in Phenix.
Implementation of the riding hydrogen model in CCTBX to support the next generation of X-ray and neutron joint refinement in Phenix.
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DOI：
10.1016/bs.mie.2020.01.007
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发表时间：
2020
影响因子：
--
通讯作者：
Adams PD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liebschner D;Afonine PV;Urzhumtsev AG;Adams PD
对中子衍射数据进行原子模型修正的一个基本前提是对氢原子的有效处理。骑行氢模型将氢原子参数约束到非氢原子的参数，是一种合理的参数细化方法。本工作描述了骑氢模型在计算结晶学工具箱和菲尼克斯中的实现。骑行的氢原子可以在几种不同的构型中找到，这些构型具有特定的几何特征。对于每种构型，描述了氢原子的参数化和精化目标函数相对于非氢参数的梯度的表达式。
A fundamental prerequisite for implementing new procedures of atomic model refinement against neutron diffraction data is the efficient handling of hydrogen atoms. The riding hydrogen model, which constrains hydrogen atom parameters to those of the non-hydrogen atoms, is a plausible parameterization for refinements. This work describes the implementation of the riding hydrogen model in the Computational Crystallography Toolbox and in Phenix. Riding hydrogen atoms can be found in several different configurations that are characterized by specific geometries. For each configuration, the hydrogen atom parameterization and the expressions for the gradients of refinement target function with respect to non-hydrogen parameters are described.
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DOI：
10.1107/s0907444909011548
发表时间：
2009-06
影响因子：
2.2
作者：
Adams, Paul D.;Mustyakimov, Marat;Afonine, Pavel V.;Langan, Paul
通讯作者：
Langan, Paul
影响因子：
3.9
作者：
Chen JC;Unkefer CJ
通讯作者：
Unkefer CJ
DOI：
10.1007/978-1-4939-7000-1_14
发表时间：
2017
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Dauter M;Dauter Z
通讯作者：
Dauter Z
DOI：
10.1107/s0907444910026582
发表时间：
2010-11-01
影响因子：
2.2
作者：
Afonine, Pavel V.;Mustyakimov, Marat;Adams, Paul D.
通讯作者：
Adams, Paul D.
DOI：
10.1073/pnas.060024697
发表时间：
2000-04-11
影响因子：
11.1
作者：
Shu, F;Ramakrishnan, V;Schoenborn, BP
通讯作者：
Schoenborn, BP