IMG/VR: a database of cultured and uncultured DNA Viruses and retroviruses.
IMG/VR: a database of cultured and uncultured DNA Viruses and retroviruses.
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DOI：
10.1093/nar/gkw1030
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发表时间：
2017-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Kyrpides NC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Paez-Espino D;Chen IA;Palaniappan K;Ratner A;Chu K;Szeto E;Pillay M;Huang J;Markowitz VM;Nielsen T;Huntemann M;K Reddy TB;Pavlopoulos GA;Sullivan MB;Campbell BJ;Chen F;McMahon K;Hallam SJ;Denef V;Cavicchioli R;Caffrey SM;Streit WR;Webster J;Handley KM;Salekdeh GH;Tsesmetzis N;Setubal JC;Pope PB;Liu WT;Rivers AR;Ivanova NN;Kyrpides NC
病毒代表了地球上最丰富的生命形式。最近的实验和计算改进导致主要从宏基因组样本中鉴定的病毒基因组序列的数量急剧增加。随着宏基因组病毒序列目录的不断扩大，需要一个综合的计算平台，将所有这些序列与相关的元数据和分析工具集成在一起。在这里，我们介绍了IMG/VR (https://img.jgi.doe.gov/vr/)，这是最大的公开数据库，包含3908个分离的参考DNA病毒，其中26413个通过计算从bbbb6000个生态多样化的宏基因组样本中鉴定出的病毒contigs。大约一半的病毒群被归类为基因上不同的准物种群。微生物宿主被预测为2万个病毒序列，揭示了9个以前未报道的被病毒感染的微生物门。病毒序列可以使用各种相关的元数据进行查询，包括样本的栖息地类型和地理位置，或者根据标志性病毒基因进行分类。IMG/VR具有用户友好的界面，允许用户查询所有集成数据，并通过与外部序列进行比较进行交互，从而成为病毒基因组学社区的重要资源。
Viruses represent the most abundant life forms on the planet. Recent experimental and computational improvements have led to a dramatic increase in the number of viral genome sequences identified primarily from metagenomic samples. As a result of the expanding catalog of metagenomic viral sequences, there exists a need for a comprehensive computational platform integrating all these sequences with associated metadata and analytical tools. Here we present IMG/VR (https://img.jgi.doe.gov/vr/), the largest publicly available database of 3908 isolate reference DNA viruses with 264 413 computationally identified viral contigs from >6000 ecologically diverse metagenomic samples. Approximately half of the viral contigs are grouped into genetically distinct quasi-species clusters. Microbial hosts are predicted for 20 000 viral sequences, revealing nine microbial phyla previously unreported to be infected by viruses. Viral sequences can be queried using a variety of associated metadata, including habitat type and geographic location of the samples, or taxonomic classification according to hallmark viral genes. IMG/VR has a user-friendly interface that allows users to interrogate all integrated data and interact by comparing with external sequences, thus serving as an essential resource in the viral genomics community.
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DOI：
10.1038/ismej.2016.89
发表时间：
2017-01
期刊：
The ISME journal
影响因子：
--
作者：
Bolduc B;Youens-Clark K;Roux S;Hurwitz BL;Sullivan MB
通讯作者：
Sullivan MB
影响因子：
14.9
作者：
Clark K;Karsch-Mizrachi I;Lipman DJ;Ostell J;Sayers EW
通讯作者：
Sayers EW
DOI：
10.1073/pnas.0409727102
发表时间：
2005-02-15
影响因子：
11.1
作者：
Konstantinidis, KT;Tiedje, JM
通讯作者：
Tiedje, JM
影响因子：
11.3
作者：
Edwards RA;McNair K;Faust K;Raes J;Dutilh BE
通讯作者：
Dutilh BE
影响因子：
6.4
作者：
Paez-Espino D;Sharon I;Morovic W;Stahl B;Thomas BC;Barrangou R;Banfield JF
通讯作者：
Banfield JF