3DIV: A 3D-genome Interaction Viewer and database.
3DIV: A 3D-genome Interaction Viewer and database.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1017
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lee B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yang D;Jang I;Choi J;Kim MS;Lee AJ;Kim H;Eom J;Kim D;Jung I;Lee B
三维染色质结构是理解基因调控机制的一个新兴范例。Hi-C（高通量染色质构象捕获）是一种检测染色质长程相互作用的方法，可以对染色质的三维结构进行广泛的全基因组研究。然而，Hi-C数据的广泛应用受到处理Hi-C数据的复杂程度和原始测序数据的大尺寸的阻碍。为了克服这些局限性，我们构建了一个名为3DIV（3D-基因组交互查看器和数据库）的数据库，该数据库提供了查询基因座的长距离染色质相互作用伙伴的列表，并带有基因组和表观基因组注释。3DIV是第一个收集所有公开可用的人类Hi-C数据的同类产品，提供了从80种不同的人类细胞/组织类型获得的660亿个统一处理的原始Hi-C读段对。与其他数据库相比，3DIV独特地提供了针对基因组距离依赖背景信号的归一化染色质相互作用频率和所列出的相互作用的动态浏览可视化工具，这可以极大地推进染色质相互作用的解释。“3DIV”可在http://kobic.kr/3div上获得。
Three-dimensional (3D) chromatin structure is an emerging paradigm for understanding gene regulation mechanisms. Hi-C (high-throughput chromatin conformation capture), a method to detect long-range chromatin interactions, allows extensive genome-wide investigation of 3D chromatin structure. However, broad application of Hi-C data have been hindered by the level of complexity in processing Hi-C data and the large size of raw sequencing data. In order to overcome these limitations, we constructed a database named 3DIV (a 3D-genome Interaction Viewer and database) that provides a list of long-range chromatin interaction partners for the queried locus with genomic and epigenomic annotations. 3DIV is the first of its kind to collect all publicly available human Hi-C data to provide 66 billion uniformly processed raw Hi-C read pairs obtained from 80 different human cell/tissue types. In contrast to other databases, 3DIV uniquely provides normalized chromatin interaction frequencies against genomic distance dependent background signals and a dynamic browsing visualization tool for the listed interactions, which could greatly advance the interpretation of chromatin interactions. ‘3DIV’ is available at http://kobic.kr/3div.
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影响因子：
1.8
作者：
Xu Z;Zhang G;Duan Q;Chai S;Zhang B;Wu C;Jin F;Yue F;Li Y;Hu M
通讯作者：
Hu M
影响因子：
7
作者：
Boyle AP;Hong EL;Hariharan M;Cheng Y;Schaub MA;Kasowski M;Karczewski KJ;Park J;Hitz BC;Weng S;Cherry JM;Snyder M
通讯作者：
Snyder M
影响因子：
64.8
作者：
Dixon JR;Jung I;Selvaraj S;Shen Y;Antosiewicz-Bourget JE;Lee AY;Ye Z;Kim A;Rajagopal N;Xie W;Diao Y;Liang J;Zhao H;Lobanenkov VV;Ecker JR;Thomson JA;Ren B
通讯作者：
Ren B
DOI：
10.1126/science.1222794
发表时间：
2012-09-07
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Maurano MT;Humbert R;Rynes E;Thurman RE;Haugen E;Wang H;Reynolds AP;Sandstrom R;Qu H;Brody J;Shafer A;Neri F;Lee K;Kutyavin T;Stehling-Sun S;Johnson AK;Canfield TK;Giste E;Diegel M;Bates D;Hansen RS;Neph S;Sabo PJ;Heimfeld S;Raubitschek A;Ziegler S;Cotsapas C;Sotoodehnia N;Glass I;Sunyaev SR;Kaul R;Stamatoyannopoulos JA
通讯作者：
Stamatoyannopoulos JA
影响因子：
5.8
作者：
Martin, Joshua S.;Xu, Zheng;Li, Yun
通讯作者：
Li, Yun