Functional protein divergence in the evolution of Homo sapiens.
Functional protein divergence in the evolution of Homo sapiens.
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DOI：
10.1186/gb-2008-9-2-r33
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发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Teichmann SA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lopez-Bigas N;De S;Teichmann SA
按功能类别对蛋白质差异进行量化表明，后生动物的形态变化是由调节基因的变异驱动的。基因组中的蛋白质编码区域通过序列分歧和基因获得和丢失而进化，从而改变生物体的基因内容。然而，目前尚不清楚这如何导致当今后生动物的巨大多样性。为了获得人类基因组进化的全局视图，我们按功能类别量化了与人类不同进化距离的蛋白质的差异。这一分析强调了人类进化的一些一般系统级特征：信号转导器、转录因子和受体等调节过程具有高度的可塑性，而新陈代谢、运输和蛋白质合成等核心过程在很大程度上是保守的。此外，这项研究揭示了短、中、长进化时间尺度上选择力的动态图景。某些功能类别，例如“发育”和“器官发生”，表现出真核生物相对于人类的序列分歧的时间模式。这个人类进化语法框架支持先前假设的稳健性和可进化性理论。
Quantification of the divergence of proteins by functional category shows that morphological changes in metazoa have been driven by variation in regulatory genes. Protein-coding regions in a genome evolve by sequence divergence and gene gain and loss, altering the gene content of the organism. However, it is not well understood how this has given rise to the enormous diversity of metazoa present today. To obtain a global view of human genomic evolution, we quantify the divergence of proteins by functional category at different evolutionary distances from human. This analysis highlights some general systems-level characteristics of human evolution: regulatory processes, such as signal transducers, transcription factors and receptors, have a high degree of plasticity, while core processes, such as metabolism, transport and protein synthesis, are largely conserved. Additionally, this study reveals a dynamic picture of selective forces at short, medium and long evolutionary timescales. Certain functional categories, such as 'development' and 'organogenesis', exhibit temporal patterns of sequence divergence in eukaryotes relative to human. This framework for a grammar of human evolution supports previously postulated theories of robustness and evolvability.
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影响因子：
12.3
作者：
Freilich S;Massingham T;Bhattacharyya S;Ponsting H;Lyons PA;Freeman TC;Thornton JM
通讯作者：
Thornton JM
影响因子：
4.3
作者：
Arbiza L;Dopazo J;Dopazo H
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Dopazo H
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Castillo-Davis, CI;Kondrashov, FA;Kulathinal, RJ
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