Workflow4Metabolomics: a collaborative research infrastructure for computational metabolomics.
Workflow4Metabolomics: a collaborative research infrastructure for computational metabolomics.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu813
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发表时间：
2015-05-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Caron C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Giacomoni F;Le Corguillé G;Monsoor M;Landi M;Pericard P;Pétéra M;Duperier C;Tremblay-Franco M;Martin JF;Jacob D;Goulitquer S;Thévenot EA;Caron C
摘要：复杂、快速发展的计算代谢组学领域需要协作基础设施，其中大量用于数据预处理、统计分析和注释的新算法可以轻松集成（无论使用何种语言）、在参考数据集上进行评估并链接起来为用户构建临时工作流程。我们开发了 Workflow4Metabolomics (W4M)，这是第一个完全开源的计算代谢组学在线协作平台。 W4M 是一个基于 Galaxy Web 平台技术构建的虚拟研究环境。它可以实现各个模块和工作流程的符合人体工程学的集成、交换和运行。或者，整个 W4M 框架和计算工具可以作为虚拟机下载以进行本地安装。可用性和实施：http://workflow4metabolomics.org 主页使用户能够开设私人帐户并访问基础设施。 W4M 由法国生物信息学研究所 (IFB) 和法国代谢组学和通量组学基础设施 (MetaboHUB) 开发和维护。联系方式： contact@workflow4metabolomics.org
Summary: The complex, rapidly evolving field of computational metabolomics calls for collaborative infrastructures where the large volume of new algorithms for data pre-processing, statistical analysis and annotation can be readily integrated whatever the language, evaluated on reference datasets and chained to build ad hoc workflows for users. We have developed Workflow4Metabolomics (W4M), the first fully open-source and collaborative online platform for computational metabolomics. W4M is a virtual research environment built upon the Galaxy web-based platform technology. It enables ergonomic integration, exchange and running of individual modules and workflows. Alternatively, the whole W4M framework and computational tools can be downloaded as a virtual machine for local installation. Availability and implementation: http://workflow4metabolomics.org homepage enables users to open a private account and access the infrastructure. W4M is developed and maintained by the French Bioinformatics Institute (IFB) and the French Metabolomics and Fluxomics Infrastructure (MetaboHUB). Contact: contact@workflow4metabolomics.org
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