Recent and Long-Term Selection Across Synonymous Sites in Drosophila ananassae.
Recent and Long-Term Selection Across Synonymous Sites in Drosophila ananassae.
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DOI：
10.1007/s00239-016-9753-9
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发表时间：
2016-08
影响因子：
3.9
通讯作者：
Aquadro, Charles F.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Choi, Jae Young;Aquadro, Charles F.
在果蝇中，许多研究已经检查了在同义位点发生的短期或长期进化。然而，很少有人研究了最近和长期的进化，以获得对这种选择的完整看法。在此，我们使用几种不同的方法分析了果蝇DNA多态性和差异数据，并确定了在近期和长期进化时间尺度上有利于首选密码子的正选择的证据。此外，在D. ananassae中，与常染色体相比，X染色体上的首选密码子选择强度更强。我们发现这种更强的选择不是由于X连锁基因的高基因表达。对选择性中性内含子的分析表明，X染色体也更倾向于GC而不是AT核苷酸，这可能是由于GC偏倚基因转换（gcBGC）也会影响同义位点的碱基组成。因此，优选密码子和gcBGC的选择似乎都是形成D. ananassae同义位点进化的部分原因。
In Drosophila, many studies have examined the short or long term evolution occurring across synonymous sites. Few, however, have examined both the recent and long-term evolution to gain a complete view of this selection. Here we have analyzed Drosophila ananassae DNA polymorphism and divergence data using several different methods, and have identified evidence of positive selection favoring preferred codons in both recent and long-term evolutionary time scale. Further in D. ananassae, the strength of selection for preferred codons was stronger on the X chromosome compared to the autosomes. We show that this stronger selection is not due to higher gene expression of X linked genes. Analysis of the selectively neutral introns indicated the X chromosome also had a preference for GC over AT nucleotides, potentially from GC biased gene conversions (gcBGC) that can also affect the base composition of synonymous sites. Thus selection for preferred codons and gcBGC both seem to be partially responsible for shaping the D. ananassae synonymous site evolution.
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DOI：
10.1073/pnas.96.8.4482
发表时间：
1999-04-13
影响因子：
11.1
作者：
Duret, L;Mouchiroud, D
通讯作者：
Mouchiroud, D
DOI：
10.1073/pnas.0510638103
发表时间：
2006-05-02
影响因子：
11.1
作者：
Comeron, JM
通讯作者：
Comeron, JM
影响因子：
3.9
作者：
de Proce, Sophie Marion;Halligan, Daniel L.;Charlesworth, Brian
通讯作者：
Charlesworth, Brian
影响因子：
4.5
作者：
Comeron JM;Ratnappan R;Bailin S
通讯作者：
Bailin S
影响因子：
3.3
作者：
DuMont VL;Singh ND;Wright MH;Aquadro CF
通讯作者：
Aquadro CF