GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome.
GRID-seq reveals the global RNA-chromatin interactome.
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DOI：
10.1038/nbt.3968
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发表时间：
2017-10
影响因子：
46.9
通讯作者：
Fu XD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li X;Zhou B;Chen L;Gou LT;Li H;Fu XD
高等真核生物基因组由大量的编码和非编码RNA结合，但缺乏全面绘制这些RNA的身份和结合位点的方法。在这里，我们报告了一种通过深度测序（GRID-seq）原位捕获全局RNA与DNA相互作用的方法，该方法能够全面鉴定染色质相互作用RNA的整个库及其各自的结合位点。在人类、小鼠和果蝇细胞中，我们检测到大量组织特异性编码和非编码RNA，它们与活性启动子和增强子，特别是超级增强子结合。假设大多数mRNA-染色质相互作用表明启动子和增强子的物理接近，我们构建了启动子和增强子的三维全局连接图，揭示了细胞核中与转录活性相关的基因组相互作用。
Higher eukaryotic genomes are bound by a large number of coding and non-coding RNAs, but approaches to comprehensively map the identity and binding sites of these RNAs are lacking. Here we report a method to in situ capture global RNA interactions with DNA by deep sequencing (GRID-seq), which enables the comprehensive identification of the entire repertoire of chromatin-interacting RNAs and their respective binding sites. In human, mouse and Drosophila cells, we detected a large set of tissue-specific coding and non-coding RNAs that are bound to active promoters and enhancers, especially super-enhancers. Assuming that most mRNA-chromatin interactions indicate the physical proximity of a promoter and an enhancer, we constructed a three-dimensional global connectivity map of promoters and enhancers, revealing transcription activity-linked genomic interactions in the nucleus.
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Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
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