Integrated genomic analyses identify ERRFI1 and TACC3 as glioblastoma-targeted genes.
Integrated genomic analyses identify ERRFI1 and TACC3 as glioblastoma-targeted genes.
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DOI：
10.18632/oncotarget.137
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发表时间：
2010-08
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Yan H
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Duncan CG;Killela PJ;Payne CA;Lampson B;Chen WC;Liu J;Solomon D;Waldman T;Towers AJ;Gregory SG;McDonald KL;McLendon RE;Bigner DD;Yan H
胶质母细胞瘤基因组显示出显着的染色体畸变，其中含有关键的胶质母细胞瘤特异性基因，有助于几个致癌途径。为了确定胶质母细胞瘤靶向基因，我们完成了多方面的全基因组分析，以表征胶质母细胞瘤中发生的最显著的DNA含量畸变。我们通过数字核型分析和Illumina BeadChip分析对111例胶质母细胞瘤进行了拷贝数分析，并使用TCGA（癌症基因组图谱）胶质母细胞瘤项目的数据验证了我们的发现。从这项研究中，我们确定了1p36.23和4p16.3的复发性局灶性拷贝数改变。对位于这两个区域的基因的表达分析揭示了胶质母细胞瘤中失调的基因。具体来说，我们确定EGFR负调节，ERRFI 1，在1p36.23的最小区域内的删除。在具有ERRFI 1位点的局灶性缺失的胶质母细胞瘤细胞中，ERRFI 1表达的恢复减缓了细胞迁移。此外，我们证明，TACC 3，极光-A激酶底物，在4p16.3，显示拷贝数的增益，在胶质瘤级别的特定模式过表达，并与极光激酶过表达胶质母细胞瘤。我们对胶质母细胞瘤的多方面基因组评估将ERRFI 1确定为潜在的候选肿瘤抑制基因，将TACC 3确定为潜在的致癌基因，并为基于致癌途径的治疗提供了靶点。
The glioblastoma genome displays remarkable chromosomal aberrations, which harbor critical glioblastoma-specific genes contributing to several oncogenetic pathways. To identify glioblastoma-targeted genes, we completed a multifaceted genome-wide analysis to characterize the most significant aberrations of DNA content occurring in glioblastomas. We performed copy number analysis of 111 glioblastomas by Digital Karyotyping and Illumina BeadChip assays and validated our findings using data from the TCGA (The Cancer Genome Atlas) glioblastoma project. From this study, we identified recurrent focal copy number alterations in 1p36.23 and 4p16.3. Expression analyses of genes located in the two regions revealed genes which are dysregulated in glioblastomas. Specifically, we identify EGFR negative regulator, ERRFI1, within the minimal region of deletion in 1p36.23. In glioblastoma cells with a focal deletion of the ERRFI1 locus, restoration of ERRFI1 expression slowed cell migration. Furthermore, we demonstrate that TACC3, an Aurora-A kinase substrate, on 4p16.3, displays gain of copy number, is overexpressed in a glioma-grade-specific pattern, and correlates with Aurora kinase overexpression in glioblastomas. Our multifaceted genomic evaluation of glioblastoma establishes ERRFI1 as a potential candidate tumor suppressor gene and TACC3 as a potential oncogene, and provides insight on targets for oncogenic pathway-based therapy.
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影响因子：
10.5
作者：
Gergely, F;Draviam, VM;Raff, JW
通讯作者：
Raff, JW
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作者：
Kinoshita, Kazuhisa;Noetzel, Tim L;Pelletier, Laurence;Mechtler, Karl;Drechsel, David N;Schwager, Anne;Lee, Mike;Raff, Jordan W;Hyman, Anthony A
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