Characterization of dendritic cell subtypes in human cord blood by single-cell sequencing
Characterization of dendritic cell subtypes in human cord blood by single-cell sequencing
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通过单细胞测序表征人脐带血中的树突状细胞亚型
DOI：
10.1007/s41048-019-00096-5
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发表时间：
2019-08
影响因子：
--
通讯作者：
张立国
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
金骁扬;张立国
树突状细胞（DC）是专业的抗原呈递细胞（APC）。 DC的关键功能包括吞噬、加工和向T细胞呈递抗原以及调节T细胞的激活。人类血液中有两种主要的 DC 亚型：浆细胞样 DC (pDC) 和常规 DC。为了明确成人和婴儿免疫系统之间的差异，特别是 DC 构成方面的差异，我们从人脐带血中富集 DC，并使用 10x Genomics Single Cell 3' Solution 从约 7000 个细胞中生成单细胞 RNA 测序数据。将差异表达分析方法纳入我们的聚类过程后，我们鉴定了所有已知的树突状细胞亚群。有趣的是，我们还发现了一组具有基因表达的 DC，它是巨核细胞和 pDC 的混合体。此外，我们通过 PCR 在 RNA 水平和通过流式细胞术在蛋白质水平验证了所选基因的表达。这项研究进一步证明了单细胞 RNA 测序在树突状细胞研究中的力量。
Dendritic cells (DCs) are professional antigen-presenting cells (APCs). The key functions of DCs include engulfing, processing and presenting antigens to T cells and regulating the activation of T cells. There are two major DC subtypes in human blood: plasmacytoid DCs (pDCs) and conventional DCs. To define the differences between the adult and infant immune systems, especially in terms of DC constitution, we enriched DCs from human cord blood and generated single-cell RNA sequencing data from about 7000 cells using the 10x Genomics Single Cell 3′ Solution. After incorporating the differential expression analysis method in our clustering process, we identified all the known dendritic cell subsets. Interestingly, we also found a group of DCs with gene expression that was a mix of megakaryocytes and pDCs. Further, we verified the expression of selected genes at both the RNA level by PCR and the protein level by flow cytometry. This study further demonstrates the power of single-cell RNA sequencing in dendritic cell research.
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影响因子：
64.8
作者：
Shalek, Alex K.;Satija, Rahul;Shuga, Joe;Trombetta, John J.;Gennert, Dave;Lu, Diana;Chen, Peilin;Gertner, Rona S.;Gaublomme, Jellert T.;Yosef, Nir;Schwartz, Schraga;Fowler, Brian;Weaver, Suzanne;Wang, Jing;Wang, Xiaohui;Ding, Ruihua;Raychowdhury, Raktima;Friedman, Nir;Hacohen, Nir;Park, Hongkun;May, Andrew P.;Regev, Aviv
通讯作者：
Regev, Aviv
影响因子：
46.9
作者：
Becht, Etienne;McInnes, Leland;Newell, Evan W.
通讯作者：
Newell, Evan W.
影响因子：
6.4
作者：
Collin M;Bigley V
通讯作者：
Bigley V
DOI：
10.1126/science.1247651
发表时间：
2014-02-14
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Jaitin DA;Kenigsberg E;Keren-Shaul H;Elefant N;Paul F;Zaretsky I;Mildner A;Cohen N;Jung S;Tanay A;Amit I
通讯作者：
Amit I
影响因子：
9.3
作者：
Wolock, Samuel L.;Lopez, Romain;Klein, Allon M.
通讯作者：
Klein, Allon M.