Unraveling the 3D genome of human malaria parasites.
Unraveling the 3D genome of human malaria parasites.
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DOI：
10.1016/j.semcdb.2018.07.015
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发表时间：
2019-06
影响因子：
7.3
通讯作者：
Le Roch KG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Batugedara G;Le Roch KG
真核细胞内的染色体是高度动态的，并采用复杂的层级结构。了解这种三维(3D)核结构如何影响基因调控、细胞周期进展和疾病发病机制是发育和疾病中的重要生物学问题。最近，许多全基因组技术被发展起来，包括染色体构象捕获(3C)和基于3C的方法(4C、5C和Hi-C)来研究三维染色质结构。在这篇综述中，我们介绍了3D基因组方法，重点介绍了它们在理解人类疟疾寄生虫恶性疟原虫核结构方面的应用。现在越来越多的证据表明，寄生虫的基因调控在很大程度上受到表观遗传机制和核重组的调控。在这里，我们探索恶性疟原虫的3D基因组结构，包括局部和全局染色质结构。此外，还讨论了维持3D染色质组织的重要分子成分，包括结构蛋白和长的非编码RNA。总之，这些研究有助于我们理解3D基因组结构的可塑性如何调节这种致命寄生虫的基因表达和细胞周期进展。
The chromosomes within the eukaryotic cell nucleus are highly dynamic and adopt complex hierarchical structures. Understanding how this three-dimensional (3D) nuclear architectureaffects gene regulation, cell cycle progression and disease pathogenesis are important biological questions in development and disease. Recently, many genome-wide technologies including chromosome conformation capture (3C) and 3C-based methodologies (4C, 5C, and Hi-C) have been developed to investigate 3D chromatin structure. In this review, we introduce 3D genome methodologies, with a focus on their application for understanding the nuclear architecture of the human malaria parasite, Plasmodium falciparum. An increasing amount of evidence now suggests that gene regulation in the parasite is largely regulated by epigenetic mechanisms and nuclear reorganization. Here, we explore the 3D genome architecture of P. falciparum, including local and global chromatin structure. In addition, molecular components important for maintaining 3D chromatin organization including architectural proteins and long non-coding RNAs are discussed. Collectively, these studies contribute to our understanding of how the plasticity of 3D genome architecture regulates gene expression and cell cycle progression in this deadly parasite.
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影响因子：
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作者：
Böhmdorfer G;Wierzbicki AT
通讯作者：
Wierzbicki AT
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Campbell TL;De Silva EK;Olszewski KL;Elemento O;Llinás M
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