Dissecting esophageal squamous-cell carcinoma ecosystem by single-cell transcriptomic analysis.
Dissecting esophageal squamous-cell carcinoma ecosystem by single-cell transcriptomic analysis.
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通过单细胞转录组学分析来解剖食管鳞状细胞癌生态系统。
DOI：
10.1038/s41467-021-25539-x
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发表时间：
2021-09-06
影响因子：
16.6
通讯作者：
Lin D
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zhang X;Peng L;Luo Y;Zhang S;Pu Y;Chen Y;Guo W;Yao J;Shao M;Fan W;Cui Q;Xi Y;Sun Y;Niu X;Zhao X;Chen L;Wang Y;Liu Y;Yang X;Wang C;Zhong C;Tan W;Wang J;Wu C;Lin D
食管鳞状细胞癌（Esophageal squamous-cell carcinoma，ESCC）是一种常见的恶性肿瘤，其肿瘤生态系统复杂而未知。在这里，我们基于来自60个个体的208，659个单细胞转录组研究了ESCC肿瘤的组成。我们从恶性上皮细胞中鉴定出8种常见的表达程序，发现肿瘤微环境中的42种细胞类型，包括26种免疫细胞和16种非免疫基质细胞亚型，并分析了肿瘤微环境中癌细胞与其他细胞之间的相互作用以及不同细胞类型之间的相互作用。此外，我们将癌细胞转录组与体细胞突变联系起来，并确定了几个与患者生存显著相关的标志物，这可能与ESCC患者的精确护理有关。这些结果揭示了ESCC TME的免疫抑制状态，进一步加深了我们对ESCC的认识。食管鳞状细胞癌（ESCC）预后差，需要详细的分子谱来确定预后标志物。在这里，作者使用scRNA-seq，TCR-seq和基因组学分析了60例ESCC患者样本;他们发现了与生存和免疫抑制微环境相关的粘膜免疫标志物。
Esophageal squamous-cell carcinoma (ESCC), one of the most prevalent and lethal malignant disease, has a complex but unknown tumor ecosystem. Here, we investigate the composition of ESCC tumors based on 208,659 single-cell transcriptomes derived from 60 individuals. We identify 8 common expression programs from malignant epithelial cells and discover 42 cell types, including 26 immune cell and 16 nonimmune stromal cell subtypes in the tumor microenvironment (TME), and analyse the interactions between cancer cells and other cells and the interactions among different cell types in the TME. Moreover, we link the cancer cell transcriptomes to the somatic mutations and identify several markers significantly associated with patients’ survival, which may be relevant to precision care of ESCC patients. These results reveal the immunosuppressive status in the ESCC TME and further our understanding of ESCC. Esophageal squamous-cell carcinomas (ESCC) have poor prognosis, and detailed molecular profiles are necessary to identify prognostic markers. Here the authors analyse 60 ESCC patient samples using scRNA-seq, TCR-seq and genomics; they find mucosal immunity markers associated with survival and immunosuppressive microenvironments.
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影响因子：
64.8
作者：
Helmink BA;Reddy SM;Gao J;Zhang S;Basar R;Thakur R;Yizhak K;Sade-Feldman M;Blando J;Han G;Gopalakrishnan V;Xi Y;Zhao H;Amaria RN;Tawbi HA;Cogdill AP;Liu W;LeBleu VS;Kugeratski FG;Patel S;Davies MA;Hwu P;Lee JE;Gershenwald JE;Lucci A;Arora R;Woodman S;Keung EZ;Gaudreau PO;Reuben A;Spencer CN;Burton EM;Haydu LE;Lazar AJ;Zapassodi R;Hudgens CW;Ledesma DA;Ong S;Bailey M;Warren S;Rao D;Krijgsman O;Rozeman EA;Peeper D;Blank CU;Schumacher TN;Butterfield LH;Zelazowska MA;McBride KM;Kalluri R;Allison J;Petitprez F;Fridman WH;Sautès-Fridman C;Hacohen N;Rezvani K;Sharma P;Tetzlaff MT;Wang L;Wargo JA
通讯作者：
Wargo JA
影响因子：
50.3
作者：
Hanahan, Douglas;Coussens, Lisa M.
通讯作者：
Coussens, Lisa M.
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64.8
作者：
Cabrita, Rita;Lauss, Martin;Jonsson, Goran
通讯作者：
Jonsson, Goran
高维分析描述了成功的免疫检查癌症治疗过程中髓样和淋巴室的重塑。
影响因子：
64.5
作者：
Gubin MM;Esaulova E;Ward JP;Malkova ON;Runci D;Wong P;Noguchi T;Arthur CD;Meng W;Alspach E;Medrano RFV;Fronick C;Fehlings M;Newell EW;Fulton RS;Sheehan KCF;Oh ST;Schreiber RD;Artyomov MN
通讯作者：
Artyomov MN
影响因子：
64.5
作者：
Hugo W;Zaretsky JM;Sun L;Song C;Moreno BH;Hu-Lieskovan S;Berent-Maoz B;Pang J;Chmielowski B;Cherry G;Seja E;Lomeli S;Kong X;Kelley MC;Sosman JA;Johnson DB;Ribas A;Lo RS
通讯作者：
Lo RS