Identification of human miRNA precursors that resemble box C/D snoRNAs.
Identification of human miRNA precursors that resemble box C/D snoRNAs.
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类似于盒子C/d snornas的人类miRNA前体的识别。
DOI：
10.1093/nar/gkq1355
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发表时间：
2011-05
影响因子：
14.9
通讯作者：
Lamond AI
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ono M;Scott MS;Yamada K;Avolio F;Barton GJ;Lamond AI
小核仁RNA （small nucleolar RNA, snoRNAs）主要有两类：盒式C/D snoRNAs和盒式H/ACA snoRNAs，它们作为引导RNA直接对rRNA前体和其他核仁RNA靶标进行序列特异性修饰。先前的计算和生化分析揭示了miRNA前体和一些box H/ACA snorna之间可能的进化关系。在这里，我们研究了miRNA前体和盒C/D snorna之间的类似进化关系。计算分析鉴定出84个内含子mirna编码于盒C/D snoRNAs中，或编码于盒C/D snoRNAs相似的前体中。对这些盒状C/D snorna样miRNA前体的折叠结构的预测类似于已知的盒状C/D snorna的结构，盒状C和盒状D通常在折叠的分子中非常接近。测试的所有五种盒C/D snorna样miRNA前体（miR-27b、miR-16-1、mir-28、miR-31和let-7g）都与纤维蛋白结合，纤维蛋白是功能性盒C/D snoRNP复合物的一种特异性蛋白质成分。这些数据表明，一小部分调节rna可能是从盒型C/D snorna进化而来的。
There are two main classes of small nucleolar RNAs (snoRNAs): the box C/D snoRNAs and the box H/ACA snoRNAs that function as guide RNAs to direct sequence-specific modification of rRNA precursors and other nucleolar RNA targets. A previous computational and biochemical analysis revealed a possible evolutionary relationship between miRNA precursors and some box H/ACA snoRNAs. Here, we investigate a similar evolutionary relationship between a subset of miRNA precursors and box C/D snoRNAs. Computational analyses identified 84 intronic miRNAs that are encoded within either box C/D snoRNAs, or in precursors showing similarity to box C/D snoRNAs. Predictions of the folded structures of these box C/D snoRNA-like miRNA precursors resemble the structures of known box C/D snoRNAs, with the boxes C and D often in close proximity in the folded molecule. All five box C/D snoRNA-like miRNA precursors tested (miR-27b, miR-16-1, mir-28, miR-31 and let-7g) bind to fibrillarin, a specific protein component of functional box C/D snoRNP complexes. The data suggest that a subset of small regulatory RNAs may have evolved from box C/D snoRNAs.
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