The evolution of gene expression and the transcriptome-phenotype relationship.
The evolution of gene expression and the transcriptome-phenotype relationship.
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DOI：
10.1016/j.semcdb.2011.12.004
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发表时间：
2012-04
影响因子：
7.3
通讯作者：
Mank, Judith E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Harrison, Peter W.;Wright, Alison E.;Mank, Judith E.
基因表达的变化是许多复杂表型适应性进化的基础，最近多物种比较转录组数据的增加使扫描整个转录本寻找经历了适应性表达变化的基因座成为可能。然而，尽管数据的可用性增加了，但目前的基因表达进化模型往往没有考虑到与转录组数据相关的复杂性和固有噪声。此外，与目前的基因序列进化模型相比，转录组进化模型往往缺乏复杂性，无法有效地确定物种之间或分支内的转录差异是中性过程还是适应性过程的结果。在这篇综述中，我们讨论了定义我们目前对基因表达和复杂表型进化之间关系的理解的工具、方法和模型。我们的目标是总结我们所知道的复杂性状背后的全球基因表达模式的进化，以及确定一些仍然有待回答的问题。
Changes in gene expression underlie the adaptive evolution in many complex phenotypes, and the recent increase in the availability of multi-species comparative transcriptome data has made it possible to scan whole transcriptomes for loci that have experienced adaptive changes in expression. However, despite the increase in data availability, current models of gene expression evolution often do not account for the complexities and inherent noise associated with transcriptome data. Additionally, in contrast to current models of gene sequence evolution, models of transcriptome evolution often lack the sophistication to effectively determine whether transcriptional differences between species or within a clade are the result of neutral or adaptive processes. In this review, we discuss the tools, methods and models that define our current understanding of the relationship between gene expression and complex phenotype evolution. Our goal is to summarize what we know about the evolution of global gene expression patterns underlying complex traits, as well to identify some of the questions that remain to be answered.
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