Visualising very large phylogenetic trees in three dimensional hyperbolic space.
Visualising very large phylogenetic trees in three dimensional hyperbolic space.
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DOI：
10.1186/1471-2105-5-48
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发表时间：
2004-04-29
影响因子：
3
通讯作者：
Liberles DA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hughes T;Hyun Y;Liberles DA
常见的现有系统发育树可视化工具无法显示具有超过几千个节点的可读树。这些现有的方法是基于二维空间。我们介绍了可视化系统发育树在三维双曲空间与海象图形可视化工具的想法，并开发了一个转换工具，使标准的系统发育树格式转换为海象的格式。使用Walrus，可以可视化和导航具有超过100，000个节点的系统发育树。Walrus支持在桌面上可视化三维双曲空间中的非常大的系统发育树。该应用程序对于生命树的可视化和功能基因组学衍生物（如自适应进化数据库（TAED））可能有用。
Common existing phylogenetic tree visualisation tools are not able to display readable trees with more than a few thousand nodes. These existing methodologies are based in two dimensional space. We introduce the idea of visualising phylogenetic trees in three dimensional hyperbolic space with the Walrus graph visualisation tool and have developed a conversion tool that enables the conversion of standard phylogenetic tree formats to Walrus' format. With Walrus, it becomes possible to visualise and navigate phylogenetic trees with more than 100,000 nodes. Walrus enables desktop visualisation of very large phylogenetic trees in 3 dimensional hyperbolic space. This application is potentially useful for visualisation of the tree of life and for functional genomics derivatives, like The Adaptive Evolution Database (TAED).
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