Efficient nonbonded interactions for molecular dynamics on a graphics processing unit.
Efficient nonbonded interactions for molecular dynamics on a graphics processing unit.
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DOI：
10.1002/jcc.21413
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发表时间：
2010-04-30
影响因子：
3
通讯作者：
Pande, Vijay S.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eastman, Peter;Pande, Vijay S.
关键词：
我们描述了一种用于计算与图形处理单元（GPU）上截止的非键相互作用的算法。我们将其纳入了OpenMM，这是一个用于在高性能计算机体系结构上执行分子模拟的库。我们将其基准在多种系统上进行基准测试，包括水分子盒，显式溶剂中的蛋白质，脂质双层和具有隐式溶剂的蛋白质。结果表明，其性能与多种系统尺寸的原子数量线性缩放，同时比其他已发表的算法要快得多。
We describe an algorithm for computing nonbonded interactions with cutoffs on a graphics processing unit (GPU). We have incorporated it into OpenMM, a library for performing molecular simulations on high performance computer architectures. We benchmark it on a variety of systems including boxes of water molecules, proteins in explicit solvent, a lipid bilayer, and proteins with implicit solvent. The results demonstrate that its performance scales linearly with the number of atoms over a wide range of system sizes, while being significantly faster than other published algorithms.
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影响因子：
5.5
作者：
Hess, Berk;Kutzner, Carsten;Lindahl, Erik
通讯作者：
Lindahl, Erik
影响因子：
5.6
作者：
Kusunoki, H;Minasov, G;Mondragón, A
通讯作者：
Mondragón, A
影响因子：
3
作者：
Stone, John E.;Phillips, James C.;Schulten, Klaus
通讯作者：
Schulten, Klaus
影响因子：
2.1
作者：
Van Gunsteren, W. F.;Berendsen, H. J. C.
通讯作者：
Berendsen, H. J. C.
影响因子：
3
作者：
Friedrichs, Mark S.;Eastman, Peter;Vaidyanathan, Vishal;Houston, Mike;Legrand, Scott;Beberg, Adam L.;Ensign, Daniel L.;Bruns, Christopher M.;Pande, Vijay S.
通讯作者：
Pande, Vijay S.