The energetics and evolution of oxidoreductases in deep time
The energetics and evolution of oxidoreductases in deep time
复制标题
氧化还原酶的深时能量学和演化
DOI：
10.1002/prot.26563
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发表时间：
2023
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Heidari, Hirbod
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
McGuinness, Kenneth N.;Fehon, Nolan;Feehan, Ryan;Miller, Michelle;Mutter, Andrew C.;Rybak, Laryssa A.;Nam, Justin;AbuSalim, Jenna E.;Atkinson, Joshua T.;Heidari, Hirbod
生命的核心代谢反应通过一类氧化还原蛋白质酶--氧化还原还原酶来驱动电子。电子流动的能量学是由蛋白质环境调节的有机和无机辅因子的氧化还原电势决定的。了解蛋白质结构是如何影响氧化还原能量学的，对于研究新陈代谢、创建生物电子系统和追踪地球上生物能源利用的历史至关重要。我们构建了ProtRedox(https://protein-redox-potential.web.app)，)，这是一个手动管理的数据库，包含实验确定的氧化还原电位。通过500多项测量，我们可以开始识别蛋白质如何调节生命之树上的氧化还原能量学。通过将氧化还原电势映射到氧化还原酶折叠进化的网络上，我们可以推断电子转移能量随时间的演化。ProtReDox旨在包括用户贡献的提交，目的是使其成为该领域研究人员的宝贵资源。
The core metabolic reactions of life drive electrons through a class of redox protein enzymes, the oxidoreductases. The energetics of electron flow is determined by the redox potentials of organic and inorganic cofactors as tuned by the protein environment. Understanding how protein structure affects oxidation–reduction energetics is crucial for studying metabolism, creating bioelectronic systems, and tracing the history of biological energy utilization on Earth. We constructed ProtReDox (https://protein-redox-potential.web.app), a manually curated database of experimentally determined redox potentials. With over 500 measurements, we can begin to identify how proteins modulate oxidation–reduction energetics across the tree of life. By mapping redox potentials onto networks of oxidoreductase fold evolution, we can infer the evolution of electron transfer energetics over deep time. ProtReDox is designed to include user‐contributed submissions with the intention of making it a valuable resource for researchers in this field.
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影响因子：
64.8
作者：
Jumper J;Evans R;Pritzel A;Green T;Figurnov M;Ronneberger O;Tunyasuvunakool K;Bates R;Žídek A;Potapenko A;Bridgland A;Meyer C;Kohl SAA;Ballard AJ;Cowie A;Romera-Paredes B;Nikolov S;Jain R;Adler J;Back T;Petersen S;Reiman D;Clancy E;Zielinski M;Steinegger M;Pacholska M;Berghammer T;Bodenstein S;Silver D;Vinyals O;Senior AW;Kavukcuoglu K;Kohli P;Hassabis D
通讯作者：
Hassabis D
使用金属辅因子取向进行基于功能的结构相似性测量评估
DOI：
10.1002/prot.24442
发表时间：
2014
期刊：
Proteins: Structure
影响因子：
--
作者：
Stefan Senn;Vikas Nanda;P. Falkowski;Y. Bromberg
通讯作者：
Y. Bromberg
DOI：
10.1073/pnas.1905643116
发表时间：
2019-07-16
影响因子：
11.1
作者：
Mutter, Andrew C.;Tyryshkin, Alexei M.;Falkowski, Paul G.
通讯作者：
Falkowski, Paul G.
DOI：
10.1073/pnas.83.14.4998
发表时间：
1986-07-01
影响因子：
11.1
作者：
MOORE, GR;PETTIGREW, GW;ROGERS, NK
通讯作者：
ROGERS, NK
影响因子：
2.9
作者：
Abeln, S;Deane, CM
通讯作者：
Deane, CM