Functional genomic analysis of chromosomal aberrations in a compendium of 8000 cancer genomes.
Functional genomic analysis of chromosomal aberrations in a compendium of 8000 cancer genomes.
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DOI：
10.1101/gr.140301.112
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发表时间：
2013-02
期刊：
影响因子：
7
通讯作者：
Park PJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim TM;Xi R;Luquette LJ;Park RW;Johnson MD;Park PJ
来自癌症基因组的大量拷贝数谱数据库可以促进识别经常包含关键癌症相关基因的复发性染色体改变。它还可以用于探索低患病率的基因组事件，如染色体断裂。在这项研究中，我们报告了从107个阵列比较基因组杂交（CGH）研究中获得的8227个人类癌症拷贝数谱的分析。我们的分析揭示了与发育相关的肿瘤类型之间的染色体臂水平改变的相似性，以及一些共同发生的臂水平改变对。在不同肿瘤类型中发现的复发性（“泛谱系”）局灶改变显示出已知癌症相关基因和在癌症相关表型（例如，激酶和细胞周期）中具有相关功能的基因的富集。肿瘤类型特异性（“谱系限制”）改变及其丰富的功能类别也被确定。此外，我们开发了一种算法，用于检测拷贝数在固定水平之间快速振荡的区域，表明染色体分裂。我们在1%-2%具有不同肿瘤类型特异性发病率的样本中观察到这些大规模的基因组重排。综上所述，我们对拷贝数改变的综合观点为理解癌症基因组中各种基因组改变的功能意义提供了一个框架。
A large database of copy number profiles from cancer genomes can facilitate the identification of recurrent chromosomal alterations that often contain key cancer-related genes. It can also be used to explore low-prevalence genomic events such as chromothripsis. In this study, we report an analysis of 8227 human cancer copy number profiles obtained from 107 array comparative genomic hybridization (CGH) studies. Our analysis reveals similarity of chromosomal arm-level alterations among developmentally related tumor types as well as a number of co-occurring pairs of arm-level alterations. Recurrent (“pan-lineage”) focal alterations identified across diverse tumor types show an enrichment of known cancer-related genes and genes with relevant functions in cancer-associated phenotypes (e.g., kinase and cell cycle). Tumor type-specific (“lineage-restricted”) alterations and their enriched functional categories were also identified. Furthermore, we developed an algorithm for detecting regions in which the copy number oscillates rapidly between fixed levels, indicative of chromothripsis. We observed these massive genomic rearrangements in 1%–2% of the samples with variable tumor type-specific incidence rates. Taken together, our comprehensive view of copy number alterations provides a framework for understanding the functional significance of various genomic alterations in cancer genomes.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1038/nrc1299
发表时间：
2004-03
期刊：
Nature reviews. Cancer
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.0710052104
发表时间：
2007-12-11
影响因子：
11.1
作者：
Beroukhim, Rameen;Getz, Gad;Sellers, William R.
通讯作者：
Sellers, William R.
影响因子：
14.9
作者：
Barrett T;Troup DB;Wilhite SE;Ledoux P;Rudnev D;Evangelista C;Kim IF;Soboleva A;Tomashevsky M;Marshall KA;Phillippy KH;Sherman PM;Muertter RN;Edgar R
通讯作者：
Edgar R