A data repository and analysis framework for spontaneous neural activity recordings in developing retina
A data repository and analysis framework for spontaneous neural activity recordings in developing retina
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视网膜发育过程中自发神经活动记录的数据存储库和分析框架
DOI：
10.1101/000455
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Eglen S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Eglen S
背景在早期发育过程中，神经回路自发放电，产生具有复杂时空模式的活动片段。在过去的 25 年里，神经系统的许多部分都进行了自发活动的记录，报告了活动模式的发育变化以及各种遗传扰动的影响。结果我们提出了一个精心设计的存储库，记录了发育中的小鼠和雪貂视网膜自发活动的多电极阵列记录。数据已使用最少的元数据进行注释并转换为 HDF5。本文描述了数据的结构，以及使用这些数据文件进行可重复研究的示例。我们还演示了如何在 CARMEN 工作流程系统中分析这些数据。本文是作为文学编程文档编写的；这里描述的所有程序和数据都是免费提供的。结论1。我们希望这个存储库能够对不同实验室记录的自发活动进行新颖的分析。 2. 我们鼓励将已发布的数据添加到存储库中。 3. 该存储库作为如何存储多电极阵列记录以供长期重复使用的示例。
BackgroundDuring early development, neural circuits fire spontaneously, generating activity episodes with complex spatiotemporal patterns. Recordings of spontaneous activity have been made in many parts of the nervous system over the last 25 years, reporting developmental changes in activity patterns and the effects of various genetic perturbations.ResultsWe present a curated repository of multielectrode array recordings of spontaneous activity in developing mouse and ferret retina. The data have been annotated with minimal metadata and converted into HDF5. This paper describes the structure of the data, along with examples of reproducible research using these data files. We also demonstrate how these data can be analysed in the CARMEN workflow system. This article is written as a literate programming document; all programs and data described here are freely available.Conclusions1. We hope this repository will lead to novel analysis of spontaneous activity recorded in different laboratories. 2. We encourage published data to be added to the repository. 3. This repository serves as an example of how multielectrode array recordings can be stored for long-term reuse.
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