Protoss: a holistic approach to predict tautomers and protonation states in protein-ligand complexes.
Protoss: a holistic approach to predict tautomers and protonation states in protein-ligand complexes.
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原始：一种预测蛋白质配合物中互变异物和质子化态的整体方法。
DOI：
10.1186/1758-2946-6-12
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发表时间：
2014
影响因子：
8.6
通讯作者：
Rarey M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bietz S;Urbaczek S;Schulz B;Rarey M
氢位置的计算是处理蛋白质-配体复合物的晶体结构时常见的预处理步骤。为了分析特定配体的结合模式或计算相关的结合能，通常需要氢原子的明确描述。由于不同的化学部分产生的大量的自由度和高度的相互依赖性，这个问题是微不足道的。除了一个有效的算法来处理复杂的氢键网络所产生的复杂性之外，还需要一个强大的化学模型来描述诸如互变异构和电离等效应。我们提出了一种新的方法，将蛋白质和配体的互变异构体和质子化状态考虑在内的蛋白质-配体复合物中的氢坐标的位置。我们的方法产生的最可能的氢位置的基础上，使用经验评分函数的最佳氢键网络。我们的结果的高质量可以通过与手动调整的Astex多样性集的比较来验证，并且与其他工具相比，不期望的氢接触率非常低。
The calculation of hydrogen positions is a common preprocessing step when working with crystal structures of protein-ligand complexes. An explicit description of hydrogen atoms is generally needed in order to analyze the binding mode of particular ligands or to calculate the associated binding energies. Due to the large number of degrees of freedom resulting from different chemical moieties and the high degree of mutual dependence this problem is anything but trivial. In addition to an efficient algorithm to take care of the complexity resulting from complicated hydrogen bonding networks, a robust chemical model is needed to describe effects such as tautomerism and ionization consistently. We present a novel method for the placement of hydrogen coordinates in protein-ligand complexes which takes tautomers and protonation states of both protein and ligand into account. Our method generates the most probable hydrogen positions on the basis of an optimal hydrogen bonding network using an empirical scoring function. The high quality of our results could be verified by comparison to the manually adjusted Astex diverse set and a remarkably low rate of undesirable hydrogen contacts compared to other tools.
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影响因子：
2.7
作者：
Dow, RL;Schneider, SR;DaSilva-Jardine, P
通讯作者：
DaSilva-Jardine, P
DOI：
10.1002/prot.340120305
发表时间：
1992-03-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
BASS, MB;HOPKINS, DF;ORNSTEIN, RL
通讯作者：
ORNSTEIN, RL
DOI：
10.1002/prot.340040208
发表时间：
1988-01-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
BRUNGER, AT;KARPLUS, M
通讯作者：
KARPLUS, M
DOI：
10.1007/978-1-61779-465-0_25
发表时间：
2012-01-01
期刊：
COMPUTATIONAL DRUG DISCOVERY AND DESIGN
影响因子：
--
作者：
Krieger, Elmar;Dunbrack, Roland;Krieger, Barbara
通讯作者：
Krieger, Barbara
影响因子：
3.6
作者：
CHANG, PK
通讯作者：
CHANG, PK