CISA: contig integrator for sequence assembly of bacterial genomes.
CISA: contig integrator for sequence assembly of bacterial genomes.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0060843
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Liao YC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lin SH;Liao YC
人们已经提出了大量的算法组装程序用于基因组的从头组装，但是，没有单独的组装程序可以保证不同物种的最佳组装。通常会优化汇编器中的各种参数，以生成最佳的装配。然而，很少有人致力于利用多个组件来产生高精度的组件。在这项研究中，我们采用各种最先进的组装程序来为细菌基因组生成不同的重叠群。已开发出一种名为 CISA 的工具，用于将程序集集成到一组混合重叠群中，与最先进的汇编程序生成的程序集和现有工具合并的混合程序集相比，产生的程序集具有卓越的连续性和准确性。该工具是用Python实现的，需要在本地机器上安装MUMmer和BLAST+。 CISA 的源代码及其使用示例可在 http://sb.nhri.org.tw/CISA/ 获取。
A plethora of algorithmic assemblers have been proposed for the de novo assembly of genomes, however, no individual assembler guarantees the optimal assembly for diverse species. Optimizing various parameters in an assembler is often performed in order to generate the most optimal assembly. However, few efforts have been pursued to take advantage of multiple assemblies to yield an assembly of high accuracy. In this study, we employ various state-of-the-art assemblers to generate different sets of contigs for bacterial genomes. A tool, named CISA, has been developed to integrate the assemblies into a hybrid set of contigs, resulting in assemblies of superior contiguity and accuracy, compared with the assemblies generated by the state-of-the-art assemblers and the hybrid assemblies merged by existing tools. This tool is implemented in Python and requires MUMmer and BLAST+ to be installed on the local machine. The source code of CISA and examples of its use are available at http://sb.nhri.org.tw/CISA/.
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影响因子：
7
作者：
Li, Ruiqiang;Zhu, Hongmei;Wang, Jun
通讯作者：
Wang, Jun
DOI：
10.1093/bioinformatics/btr451
发表时间：
2011-10-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Darling AE;Tritt A;Eisen JA;Facciotti MT
通讯作者：
Facciotti MT
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq366
发表时间：
2010-09-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Nijkamp J;Winterbach W;van den Broek M;Daran JM;Reinders M;de Ridder D
通讯作者：
de Ridder D
影响因子：
3
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1093/bioinformatics/btq284
发表时间：
2010-08-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Kislyuk AO;Katz LS;Agrawal S;Hagen MS;Conley AB;Jayaraman P;Nelakuditi V;Humphrey JC;Sammons SA;Govil D;Mair RD;Tatti KM;Tondella ML;Harcourt BH;Mayer LW;Jordan IK
通讯作者：
Jordan IK