A network of genes, genetic disorders, and brain areas.
A network of genes, genetic disorders, and brain areas.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0020907
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发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Laurienti PJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hayasaka S;Hugenschmidt CE;Laurienti PJ
基于网络的方法已被用于描述基因和各种表型之间的关系，产生描述复杂生物关系的网络。这样的网络可以通过聚合来自不同数据库的文献中先前报道的关联来构建。在这项工作中，我们应用基于网络的方法来研究不同的大脑区域如何与遗传疾病和基因相关。特别是，通过文本挖掘，基于文献中报道的基因、遗传疾病和大脑区域之间的关联，构建了一个包含基因、遗传疾病和大脑区域的三方网络。在由此产生的网络中，不成比例的大量基因-疾病和疾病-大脑关联归因于一小部分基因、疾病和大脑区域。此外，研究人员还发现，大脑的一小部分区域与大量相同的基因和疾病有关。这些核心脑区包含了之前全基因组关联研究确定的区域，并提示了未来成像遗传学研究的潜在重点领域。在这项工作中概述的方法证明了基于网络的方法在研究遗传对大脑的影响方面的效用。
The network-based approach has been used to describe the relationship among genes and various phenotypes, producing a network describing complex biological relationships. Such networks can be constructed by aggregating previously reported associations in the literature from various databases. In this work, we applied the network-based approach to investigate how different brain areas are associated to genetic disorders and genes. In particular, a tripartite network with genes, genetic diseases, and brain areas was constructed based on the associations among them reported in the literature through text mining. In the resulting network, a disproportionately large number of gene-disease and disease-brain associations were attributed to a small subset of genes, diseases, and brain areas. Furthermore, a small number of brain areas were found to be associated with a large number of the same genes and diseases. These core brain regions encompassed the areas identified by the previous genome-wide association studies, and suggest potential areas of focus in the future imaging genetics research. The approach outlined in this work demonstrates the utility of the network-based approach in studying genetic effects on the brain.
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影响因子：
3.7
作者：
Schmitt, J. E.;Lenroot, R. K.;Giedd, J. N.
通讯作者：
Giedd, J. N.
使用中心性在文献挖掘的基因互动网络上识别基因 - 疾病的关联。
DOI：
10.1093/bioinformatics/btn182
发表时间：
2008-07-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Ozgür A;Vu T;Erkan G;Radev DR
通讯作者：
Radev DR
影响因子：
5.7
作者：
Kochunov, P.;Glahn, D. C.;Lancaster, J. L.;Winkler, A. M.;Smith, S.;Thompson, P. M.;Almasy, L.;Duggirala, R.;Fox, P. T.;Blangero, J.
通讯作者：
Blangero, J.
影响因子：
56.9
作者：
Barabási, AL;Albert, R
通讯作者：
Albert, R
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影响因子：
30.8
作者：
Pujana, Miguel Angel;Han, Jing-Dong J.;Vidal, Marc
通讯作者：
Vidal, Marc