MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2017 update.
MODOMICS: a database of RNA modification pathways. 2017 update.
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DOI：
10.1093/nar/gkx1030
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发表时间：
2018-01-04
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bujnicki JM
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Boccaletto P;Machnicka MA;Purta E;Piatkowski P;Baginski B;Wirecki TK;de Crécy-Lagard V;Ross R;Limbach PA;Kotter A;Helm M;Bujnicki JM
MODOMICS是一个RNA修饰数据库，提供了关于修饰核糖核苷的化学结构、生物合成途径、修饰残基在RNA序列中的位置以及RNA修饰酶的全面信息。在当前的数据库版本中，我们包括以下新功能和数据：扩展的质谱和液相色谱数据的修饰核苷；人类tRNA序列和MINTbase之间的联系-线粒体和核tRNA片段交互探索的框架；新的、机器友好的修改核苷名称统一缩写系统；两种细菌的tRNA修饰序列，哺乳动物tRNA修饰的最新集合，19个新鉴定的修饰核糖核苷和66个功能表征的RNA修饰蛋白。来自MODOMICS的数据已链接到RNAcentral RNA序列数据库。MODOMICS可在http://modomics.genesilico.pl上获得。
MODOMICS is a database of RNA modifications that provides comprehensive information concerning the chemical structures of modified ribonucleosides, their biosynthetic pathways, the location of modified residues in RNA sequences, and RNA-modifying enzymes. In the current database version, we included the following new features and data: extended mass spectrometry and liquid chromatography data for modified nucleosides; links between human tRNA sequences and MINTbase - a framework for the interactive exploration of mitochondrial and nuclear tRNA fragments; new, machine-friendly system of unified abbreviations for modified nucleoside names; sets of modified tRNA sequences for two bacterial species, updated collection of mammalian tRNA modifications, 19 newly identified modified ribonucleosides and 66 functionally characterized proteins involved in RNA modification. Data from MODOMICS have been linked to the RNAcentral database of RNA sequences. MODOMICS is available at http://modomics.genesilico.pl.
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