Web-based visualisation and analysis of 3D electron-microscopy data from EMDB and PDB.
Web-based visualisation and analysis of 3D electron-microscopy data from EMDB and PDB.
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DOI：
10.1016/j.jsb.2013.09.021
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发表时间：
2013-11
影响因子：
3
通讯作者：
Kleywegt, Gerard J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lagerstedt, Ingvar;Moore, William J.;Patwardhan, Ardan;Sanz-Garcia, Eduardo;Best, Christoph;Swedlow, Jason R.;Kleywegt, Gerard J.
欧洲蛋白质数据库（PDBe）开发了基于网络的工具，用于电子显微镜数据库（EMDB）和蛋白质数据库（PDB）中的三维电子显微镜（3DEM）结构的可视化和分析。这些工具包括：（1）用于图、断层图像和模型的3D可视化的体积查看器，（2）用于检查断层重建的2D切片的切片查看器，以及（3）用于促进图、断层图像和模型的分析和验证的视觉分析页面。这些工具旨在帮助非专家和专家等获得一些深入了解的内容，并评估EMDB和PDB中的3DEM结构的质量，而无需安装专门的软件或从这些档案中下载大量数据。讨论了在开发这些工具时遇到的技术挑战，以及通过网络界面向用户提供存档数据时的一般考虑。
The Protein Data Bank in Europe (PDBe) has developed web-based tools for the visualisation and analysis of 3D electron microscopy (3DEM) structures in the Electron Microscopy Data Bank (EMDB) and Protein Data Bank (PDB). The tools include: (1) a volume viewer for 3D visualisation of maps, tomograms and models, (2) a slice viewer for inspecting 2D slices of tomographic reconstructions, and (3) visual analysis pages to facilitate analysis and validation of maps, tomograms and models. These tools were designed to help non-experts and experts alike to get some insight into the content and assess the quality of 3DEM structures in EMDB and PDB without the need to install specialised software or to download large amounts of data from these archives. The technical challenges encountered in developing these tools, as well as the more general considerations when making archived data available to the user community through a web interface, are discussed.
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通过冷冻电镜研究人类腺病毒的原子结构揭示蛋白质网络之间的相互作用
DOI：
10.1126/science.1187433
发表时间：
2010-08-27
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Liu H;Jin L;Koh SB;Atanasov I;Schein S;Wu L;Zhou ZH
通讯作者：
Zhou ZH
影响因子：
14.9
作者：
Kinjo AR;Suzuki H;Yamashita R;Ikegawa Y;Kudou T;Igarashi R;Kengaku Y;Cho H;Standley DM;Nakagawa A;Nakamura H
通讯作者：
Nakamura H
影响因子：
5.6
作者：
Nemecek, Daniel;Cheng, Naiqian;Heymann, J. Bernard
通讯作者：
Heymann, J. Bernard
影响因子：
64.5
作者：
Behrmann E;Müller M;Penczek PA;Mannherz HG;Manstein DJ;Raunser S
通讯作者：
Raunser S
影响因子：
14.9
作者：
UniProt Consortium
通讯作者：
UniProt Consortium