Seeing the forest for the trees: annotating small RNA producing genes in plants.
Seeing the forest for the trees: annotating small RNA producing genes in plants.
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DOI：
10.1016/j.pbi.2014.02.008
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发表时间：
2014-04
影响因子：
9.5
通讯作者：
Axtell MJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Coruh C;Shahid S;Axtell MJ
基因组学的一个关键目标是基因组表达区域的完整注释。在植物中，基因组的相当大的部分产生由Dicer样（DCL）蛋白产生并由Argonaute（AGO）蛋白利用的调节性小RNA。这些包括miRNA和各种类型的内源性siRNA。近年来，通过廉价快速的DNA测序，小型RNA-seq产生了大量关于植物miRNA和siRNA表达的数据。在这篇综述中，我们讨论了最近的进展，使用小RNA-seq数据，以产生稳定和可靠的注释的miRNA和siRNA基因在植物中。此外，我们强调了未来植物小RNA基因注释的关键目标。
A key goal in genomics is the complete annotation of the expressed regions of the genome. In plants, substantial portions of the genome make regulatory small RNAs produced by Dicer-Like (DCL) proteins and utilized by Argonaute (AGO) proteins. These include miRNAs and various types of endogenous siRNAs. Small RNA-seq, enabled by cheap and fast DNA sequencing, has produced an enormous volume of data on plant miRNA and siRNA expression in recent years. In this review, we discuss recent progress in using small RNA-seq data to produce stable and reliable annotations of miRNA and siRNA genes in plants. In addition, we highlight key goals for the future of small RNA gene annotation in plants.
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影响因子：
14.9
作者：
Kozomara A;Griffiths-Jones S
通讯作者：
Griffiths-Jones S
影响因子：
3.7
作者：
Lee TF;Gurazada SG;Zhai J;Li S;Simon SA;Matzke MA;Chen X;Meyers BC
通讯作者：
Meyers BC
影响因子：
5.8
作者：
Hardcastle, Thomas J.;Kelly, Krystyna A.;Baulcombe, David C.
通讯作者：
Baulcombe, David C.
DOI：
10.1073/pnas.0611119104
发表时间：
2007-02-27
影响因子：
11.1
作者：
Chen, Ho-Ming;Li, Yi-Hang;Wu, Shu-Hsing
通讯作者：
Wu, Shu-Hsing
影响因子：
11.6
作者：
Howell, Miya D.;Fahlgren, Noah;Carrington, James C.
通讯作者：
Carrington, James C.