miRBase: integrating microRNA annotation and deep-sequencing data.
miRBase: integrating microRNA annotation and deep-sequencing data.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1027
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Griffiths-Jones S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kozomara A;Griffiths-Jones S
Mirbase是所有microRNA序列的主要在线存储库，当前版本（Mirbase 16）包含15 000多个MicroRNA基因位点，超过140种，超过17 000种不同的成熟microRNA序列。在新型MicroRNA发现的速度下，我们绘制了从简短的RNA深层实验到Mirbase中的microRNA，并开发了Web界面，以查看这些映射。和计数，并通过组织和阶段特异性表达来搜索microRNA。以前的注释。
miRBase is the primary online repository for all microRNA sequences and annotation. The current release (miRBase 16) contains over 15 000 microRNA gene loci in over 140 species, and over 17 000 distinct mature microRNA sequences. Deep-sequencing technologies have delivered a sharp rise in the rate of novel microRNA discovery. We have mapped reads from short RNA deep-sequencing experiments to microRNAs in miRBase and developed web interfaces to view these mappings. The user can view all read data associated with a given microRNA annotation, filter reads by experiment and count, and search for microRNAs by tissue- and stage-specific expression. These data can be used as a proxy for relative expression levels of microRNA sequences, provide detailed evidence for microRNA annotations and alternative isoforms of mature microRNAs, and allow us to revisit previous annotations. miRBase is available online at: http://www.mirbase.org/.
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