EDULISS: a small-molecule database with data-mining and pharmacophore searching capabilities.
EDULISS: a small-molecule database with data-mining and pharmacophore searching capabilities.
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DOI：
10.1093/nar/gkq878
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Walkinshaw MD
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hsin KY;Morgan HP;Shave SR;Hinton AC;Taylor P;Walkinshaw MD
我们提出的关系数据库EDULISS（爱丁堡大学配体选择系统），它存储的小分子的结构，物理化学和药效学特性。该数据库包含来自28个不同供应商的400多万种商业化合物。已经为教育资料系统建立了一个方便用户的网上界面（可在http：//eduliss.bch.ed.ac.uk/上查阅），提供了一些数据挖掘的可能性。对于每种化合物，单个3D构象与超过1600个计算的描述符值（分子性质）一起存储沿着。一个非常有效的方法，独特的化合物识别，特别是对一个大规模的数据库，证明了利用小子群的描述符。许多形状和距离描述符都被保存为预先计算的位串，允许快速有效的相似性和药效团搜索，可用于识别相关化合物家族以进行生物测试。两个配体搜索的应用程序，演示如何EDULISS可以用来提取家庭的分子与选定的结构和生物物理特征。
We present the relational database EDULISS (EDinburgh University Ligand Selection System), which stores structural, physicochemical and pharmacophoric properties of small molecules. The database comprises a collection of over 4 million commercially available compounds from 28 different suppliers. A user-friendly web-based interface for EDULISS (available at http://eduliss.bch.ed.ac.uk/) has been established providing a number of data-mining possibilities. For each compound a single 3D conformer is stored along with over 1600 calculated descriptor values (molecular properties). A very efficient method for unique compound recognition, especially for a large scale database, is demonstrated by making use of small subgroups of the descriptors. Many of the shape and distance descriptors are held as pre-calculated bit strings permitting fast and efficient similarity and pharmacophore searches which can be used to identify families of related compounds for biological testing. Two ligand searching applications are given to demonstrate how EDULISS can be used to extract families of molecules with selected structural and biophysical features.
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影响因子：
14.9
作者：
Geer LY;Marchler-Bauer A;Geer RC;Han L;He J;He S;Liu C;Shi W;Bryant SH
通讯作者：
Bryant SH
影响因子：
2.4
作者：
TODESCHINI, R;LASAGNI, M
通讯作者：
LASAGNI, M
影响因子：
5.6
作者：
Wolber, G;Langer, T
通讯作者：
Langer, T
DOI：
10.1021/ci9803381
发表时间：
1999-07-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Butina, D
通讯作者：
Butina, D
DOI：
10.1021/ci010083i
发表时间：
2002-03-01
期刊：
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES
影响因子：
--
作者：
Fang, XL;Wang, SM
通讯作者：
Wang, SM