Structural basis for activation of fluorogenic dyes by an RNA aptamer lacking a G-quadruplex motif.
Structural basis for activation of fluorogenic dyes by an RNA aptamer lacking a G-quadruplex motif.
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DOI：
10.1038/s41467-018-06942-3
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发表时间：
2018-10-31
影响因子：
16.6
通讯作者：
Piccirilli JA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shelke SA;Shao Y;Laski A;Koirala D;Weissman BP;Fuller JR;Tan X;Constantin TP;Waggoner AS;Bruchez MP;Armitage BA;Piccirilli JA
DIR 2s RNA适体是第二代体外选择的二甲基吲哚红（DIM）结合剂，可激活花青染料、DIM和恶唑噻唑蓝（OTB）的荧光，允许检测两种分辨率良好的发射颜色。使用Fab BL 3 -6及其同源发夹作为结晶模块，我们分别以2.0 nm和1.8 nm分辨率解析了DIR 2的apo和OTB-SO 3结合形式的晶体结构。DIR 2采用紧凑的音叉状结构，由螺旋和平行取向的两个短茎环组成，以通过三级相互作用产生配体结合位点。OTB-SO 3荧光团以平面构象结合到由嘌呤碱基三联体形成的爪状结构，其为OTB-SO 3提供堆叠平台，以及未配对的核苷酸，其从顶部部分地覆盖结合位点。G-四联体或碱基四联体的缺乏使得DIR 2s适体在具有已知3D结构的荧光RNA中是独特的。DIR 2s RNA适体激活花青染料的荧光，允许检测两种分辨率良好的发射颜色。在这里，作者解决了载脂蛋白和OTB-SO 3荧光团结合的DIR 2的晶体结构，并显示了荧光团配体是如何结合的。
The DIR2s RNA aptamer, a second-generation, in-vitro selected binder to dimethylindole red (DIR), activates the fluorescence of cyanine dyes, DIR and oxazole thiazole blue (OTB), allowing detection of two well-resolved emission colors. Using Fab BL3-6 and its cognate hairpin as a crystallization module, we solved the crystal structures of both the apo and OTB-SO3 bound forms of DIR2s at 2.0 Å and 1.8 Å resolution, respectively. DIR2s adopts a compact, tuning fork-like architecture comprised of a helix and two short stem-loops oriented in parallel to create the ligand binding site through tertiary interactions. The OTB-SO3 fluorophore binds in a planar conformation to a claw-like structure formed by a purine base-triple, which provides a stacking platform for OTB-SO3, and an unpaired nucleotide, which partially caps the binding site from the top. The absence of a G-quartet or base tetrad makes the DIR2s aptamer unique among fluorogenic RNAs with known 3D structure. The DIR2s RNA aptamer activates the fluorescence of cyanine dyes allowing detection of two well-resolved emission colors. Here authors solve the crystal structures of the apo and OTB-SO3 fluorophore-bound DIR2s and show how the fluorophore ligand is bound.
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DOI：
10.1039/c5cc01526j
发表时间：
2015-05-28
期刊：
Chemical communications (Cambridge, England)
影响因子：
--
作者：
DasGupta S;Shelke SA;Li NS;Piccirilli JA
通讯作者：
Piccirilli JA
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
DOI：
10.1073/pnas.96.11.6131
发表时间：
1999-05-25
影响因子：
11.1
作者：
Grate, D;Wilson, C
通讯作者：
Wilson, C
DOI：
10.1107/s0907444909052925
发表时间：
2010-02
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Adams PD;Afonine PV;Bunkóczi G;Chen VB;Davis IW;Echols N;Headd JJ;Hung LW;Kapral GJ;Grosse-Kunstleve RW;McCoy AJ;Moriarty NW;Oeffner R;Read RJ;Richardson DC;Richardson JS;Terwilliger TC;Zwart PH
通讯作者：
Zwart PH
含有 G-四链体的 RNA 会激活类 GFP 荧光团中的荧光。
影响因子：
14.8
作者：
Huang, Hao;Suslov, Nikolai B.;Li, Nan-Sheng;Shelke, Sandip A.;Evans, Molly E.;Koldobskaya, Yelena;Rice, Phoebe A.;Piccirilli, Joseph A.
通讯作者：
Piccirilli, Joseph A.