Current challenges in software solutions for mass spectrometry-based quantitative proteomics.
Current challenges in software solutions for mass spectrometry-based quantitative proteomics.
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DOI：
10.1007/s00726-012-1289-8
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发表时间：
2012-09
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
van Breukelen B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cappadona S;Baker PR;Cutillas PR;Heck AJ;van Breukelen B
在过去的十年里，基于质谱学的蛋白质组学已经发展成为一个高通量的研究领域。仪器方面的重大进步以及产生海量数据的能力强调了对足够的数据分析工具的需求，这些工具目前通常被认为是蛋白质组学发展的主要瓶颈。这篇综述突出了直接影响蛋白质组定量有效性的重要问题，并教育软件开发人员和最终用户现有的计算解决方案，以纠正这些因素的发生。明确概述了稳定同位素方法或无标记方法所特有的潜在误差来源。总体目标集中在通用蛋白质组学工作流程上。
Mass spectrometry-based proteomics has evolved as a high-throughput research field over the past decade. Significant advances in instrumentation, and the ability to produce huge volumes of data, have emphasized the need for adequate data analysis tools, which are nowadays often considered the main bottleneck for proteomics development. This review highlights important issues that directly impact the effectiveness of proteomic quantitation and educates software developers and end-users on available computational solutions to correct for the occurrence of these factors. Potential sources of errors specific for stable isotope-based methods or label-free approaches are explicitly outlined. The overall aim focuses on a generic proteomic workflow.
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影响因子：
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作者：
Audi, G;Wapstra, AH
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作者：
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通讯作者：
Karger, BL
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--
作者：
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通讯作者：
Heck, Albert J. R.
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作者：
Cappadona, Salvatore;Munoz, Javier;Heck, Albert J. R.
通讯作者：
Heck, Albert J. R.
DOI：
10.1016/j.mrgentox.2010.06.016
发表时间：
2011-06-17
影响因子：
1.9
作者：
Becker, Christopher H.;Bern, Marshall
通讯作者：
Bern, Marshall