MeltDB 2.0-advances of the metabolomics software system.
MeltDB 2.0-advances of the metabolomics software system.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btt414
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发表时间：
2013-10-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Goesmann A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kessler N;Neuweger H;Bonte A;Langenkämper G;Niehaus K;Nattkemper TW;Goesmann A
动机：代谢组学研究领域在过去几年中获得了极大的普及和发展。由于其独特的跨学科性质，它需要结合不同科学学科的知识。高通量技术的进步以及随之而来的数据质量和数量的增长对实用的分析和计算方法提出了新的要求。对最终生成和分析的数据集的探索还依赖于强大的数据挖掘和可视化工具。结果：为了满足和跟上这些需求，我们创建了MeltDB 2.0，这是一个下一代Web应用程序，旨在解决代谢组学实验的存储、共享、标准化、集成和分析。新功能提高了从前处理到新生物学知识推导的整个色谱原始数据处理流水线的效率和有效性。首先，高质量代谢数据集的生成已大大简化。其次，新的统计工具箱允许根据广泛的科学和探索性问题调查这些数据集。可用性：该系统可在https://meltdb.cebitec.uni-bielefeld.de.上公开使用需要登录，但可以免费使用。联系人：nkessler@cebitec.uni-bielefeld.de
Motivation: The research area metabolomics achieved tremendous popularity and development in the last couple of years. Owing to its unique interdisciplinarity, it requires to combine knowledge from various scientific disciplines. Advances in the high-throughput technology and the consequently growing quality and quantity of data put new demands on applied analytical and computational methods. Exploration of finally generated and analyzed datasets furthermore relies on powerful tools for data mining and visualization. Results: To cover and keep up with these requirements, we have created MeltDB 2.0, a next-generation web application addressing storage, sharing, standardization, integration and analysis of metabolomics experiments. New features improve both efficiency and effectivity of the entire processing pipeline of chromatographic raw data from pre-processing to the derivation of new biological knowledge. First, the generation of high-quality metabolic datasets has been vastly simplified. Second, the new statistics tool box allows to investigate these datasets according to a wide spectrum of scientific and explorative questions. Availability: The system is publicly available at https://meltdb.cebitec.uni-bielefeld.de. A login is required but freely available. Contact: nkessler@cebitec.uni-bielefeld.de
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影响因子：
5.8
作者：
Hoffmann, Nils;Stoye, Jens
通讯作者：
Stoye, Jens
影响因子：
3.6
作者：
Persicke, Marcus;Rueckert, Christian;Neuweger, Heiko
通讯作者：
Neuweger, Heiko
影响因子：
5.8
作者：
Neuweger, Heiko;Albaum, Stefan P.;Goesmann, Alexander
通讯作者：
Goesmann, Alexander
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
3
作者：
Kind T;Fiehn O
通讯作者：
Fiehn O