Prevalence of hepatitis C virus subgenotypes 1a and 1b in Japanese patients: ultra-deep sequencing analysis of HCV NS5B genotype-specific region.
Prevalence of hepatitis C virus subgenotypes 1a and 1b in Japanese patients: ultra-deep sequencing analysis of HCV NS5B genotype-specific region.
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日本患者中丙型肝炎病毒亚基型和1B的患病率：HCV NS5B基因型特异性区域的超深测序分析。
DOI：
10.1371/journal.pone.0073615
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Yokosuka O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu S;Kanda T;Nakamoto S;Jiang X;Miyamura T;Nakatani SM;Ono SK;Takahashi-Nakaguchi A;Gonoi T;Yokosuka O
丙型肝炎病毒 (HCV) 亚基因型 1a 和 1b 对感染 HCV 基因型 1 的患者使用聚乙二醇干扰素加利巴韦林和直接作用抗病毒药物 (DAA) 的治疗反应具有不同的影响，因为这两种亚基因型之间耐药突变的出现率不同。在日本，几乎所有的HCV基因型1都属于亚基因型1b。为了确定感染 HCV 基因型 1 的日本患者的 HCV 亚基因型 1a 或 1b，对 HCV NS5B 区域采用基于实时 PCR 的方法和 Sanger 方法。通过基于实时 PCR 的方法可确定 90% 的 HCV 亚基因型。我们还使用超深度测序分析了 HCV 亚基因型 1a 和 1b 的特定探针区域，并发现了使用桑格法直接测序无法揭示的突变。我们估计日本 HCV 基因 1 型患者的 HCV 亚型 1a 患病率为 1.2-2.5%。虽然基于实时 PCR 的 HCV 亚基因分型方法对于区分 HCV 亚基因型 1a 和 1b 似乎是公平的，但它可能不足以用于临床实践。超深度测序有助于揭示DAA治疗前HCV的耐药株以及HCV不同基因型或亚基因型的混合感染。
Hepatitis C virus (HCV) subgenotypes 1a and 1b have different impacts on the treatment response to peginterferon plus ribavirin with direct-acting antivirals (DAAs) against patients infected with HCV genotype 1, as the emergence rates of resistance mutations are different between these two subgenotypes. In Japan, almost all of HCV genotype 1 belongs to subgenotype 1b. To determine HCV subgenotype 1a or 1b in Japanese patients infected with HCV genotype 1, real-time PCR-based method and Sanger method were used for the HCV NS5B region. HCV subgenotypes were determined in 90% by real-time PCR-based method. We also analyzed the specific probe regions for HCV subgenotypes 1a and 1b using ultra-deep sequencing, and uncovered mutations that could not be revealed using direct-sequencing by Sanger method. We estimated the prevalence of HCV subgenotype 1a as 1.2-2.5% of HCV genotype 1 patients in Japan. Although real-time PCR-based HCV subgenotyping method seems fair for differentiating HCV subgenotypes 1a and 1b, it may not be sufficient for clinical practice. Ultra-deep sequencing is useful for revealing the resistant strain(s) of HCV before DAA treatment as well as mixed infection with different genotypes or subgenotypes of HCV.
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