Revealing noncovalent interactions.
Revealing noncovalent interactions.
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DOI：
10.1021/ja100936w
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发表时间：
2010-05-12
影响因子：
15
通讯作者：
Yang W
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Johnson ER;Keinan S;Mori-Sánchez P;Contreras-García J;Cohen AJ;Yang W
分子结构不容易识别复杂的非共价相互作用，这些相互作用支配着生物学和化学的许多领域，包括新材料和药物的设计。我们开发了一种方法来检测非共价相互作用在真实的空间，电子密度及其衍生物的基础上。我们的方法揭示了与共价结构互补的潜在化学。它提供了小分子、分子复合物和固体中的货车德瓦耳斯相互作用、氢键和空间排斥的丰富表示。最重要的是，该方法只需要原子坐标的知识，是有效的，适用于大型系统，如蛋白质或DNA。在这些应用中，非键相互作用的观点出现连续的表面，而不是原子对之间的紧密接触，提供了丰富的见解设计新的和改进的配体。
Molecular structure does not easily identify the intricate non-covalent interactions that govern many areas of biology and chemistry, including design of new materials and drugs. We develop an approach to detect non-covalent interactions in real space, based on the electron density and its derivatives. Our approach reveals underlying chemistry that compliments the covalent structure. It provides a rich representation of van der Waals interactions, hydrogen bonds, and steric repulsion in small molecules, molecular complexes, and solids. Most importantly, the method, requiring only knowledge of the atomic coordinates, is efficient and applicable to large systems, such as proteins or DNA. Across these applications, a view of non-bonded interactions emerges as continuous surfaces rather than close contacts between atom pairs, offering rich insight into the design of new and improved ligands.
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影响因子：
2.8
作者：
Johnson, ER;Wolkow, RA;DiLabio, GA
通讯作者：
DiLabio, GA
影响因子：
4.4
作者：
BADER, RFW;ESSEN, H
通讯作者：
ESSEN, H
影响因子：
5.6
作者：
Alguel, Yilmaz;Meng, Cuixiang;Teran, Wilson;Krell, Tino;Ramos, Juan L.;Gallegos, Maria-Trinidad;Zhang, Xiaodong
通讯作者：
Zhang, Xiaodong
影响因子：
3
作者：
BROOKS, BR;BRUCCOLERI, RE;KARPLUS, M
通讯作者：
KARPLUS, M
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作者：
Davis IW;Leaver-Fay A;Chen VB;Block JN;Kapral GJ;Wang X;Murray LW;Arendall WB 3rd;Snoeyink J;Richardson JS;Richardson DC
通讯作者：
Richardson DC