The genomic landscape of canine osteosarcoma cell lines reveals conserved structural complexity and pathway alterations.
The genomic landscape of canine osteosarcoma cell lines reveals conserved structural complexity and pathway alterations.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0274383
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发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
用于研究的永生化犬骨肉瘤（OS）细胞系的特征一直基于表型特征，如细胞形态和骨特异性标记物的表达。随着越来越多地使用这些细胞系在体内翻译之前研究新的治疗方法，需要对这些细胞系的基因组景观有更详细的了解，以确保对研究结果的准确解释。在这里，我们报告了8个犬OS细胞系的第一个全基因组特征，包括单核苷酸变异、拷贝数变异和其他结构变异。在这些细胞系中观察到许多先前在原代犬OS组织中发现的改变，包括TP53突变、MYC拷贝数增加、CDKN2A、PTEN、DLG2、MAGI2和RB1的缺失以及涉及SETD2、DLG2和DMD的结构变异。这些数据为理解如何最好地将使用这些细胞系产生的体外研究结果纳入未来涉及自发性OS犬的临床研究设计提供了一个新的框架。
The characterization of immortalized canine osteosarcoma (OS) cell lines used for research has historically been based on phenotypic features such as cellular morphology and expression of bone specific markers. With the increasing use of these cell lines to investigate novel therapeutic approaches prior to in vivo translation, a much more detailed understanding regarding the genomic landscape of these lines is required to ensure accurate interpretation of findings. Here we report the first whole genome characterization of eight canine OS cell lines, including single nucleotide variants, copy number variants and other structural variants. Many alterations previously characterized in primary canine OS tissue were observed in these cell lines, including TP53 mutations, MYC copy number gains, loss of CDKN2A, PTEN, DLG2, MAGI2, and RB1 and structural variants involving SETD2, DLG2 and DMD. These data provide a new framework for understanding how best to incorporate in vitro findings generated using these cell lines into the design of future clinical studies involving dogs with spontaneous OS.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx346
发表时间：
2017-10-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Gel B;Serra E
通讯作者：
Serra E
影响因子：
3.7
作者：
Chu S;Skidmore ZL;Kunisaki J;Walker JR;Griffith M;Griffith OL;Bryan JN
通讯作者：
Bryan JN
影响因子：
1.2
作者：
Cingolani, Pablo;Platts, Adrian;Ruden, Douglas M.
通讯作者：
Ruden, Douglas M.
DOI：
10.1016/j.jamcollsurg.2018.01.059
发表时间：
2018-06-01
影响因子：
5.2
作者：
Erinjeri, Neeta J.;Nicolson, Norman G.;Carling, Tobias
通讯作者：
Carling, Tobias
影响因子：
2.1
作者：
Fowles, J. S.;Dailey, D. D.;Duval, D. L.
通讯作者：
Duval, D. L.