karyoploteR: an R/Bioconductor package to plot customizable genomes displaying arbitrary data.
karyoploteR: an R/Bioconductor package to plot customizable genomes displaying arbitrary data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btx346
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发表时间：
2017-10-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Serra E
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gel B;Serra E
数据可视化是数据探索、分析和解释的重要工具。对于基因组数据的可视化，缺乏一种工具来创建来自任何物种的全基因组的可定制的非圆形图。我们已经开发了karyploteR，一个R/Bioconductor软件包，用于创建任何基因组的线性染色体表示，并沿着其绘制基因组注释和实验数据。绘图创建过程受到R基础图形的启发，主要功能是创建没有数据的核型图和多个附加功能，包括由最终用户编写的自定义功能，添加数据和其他图形元素。这种方法允许从任意数据创建高度可定制的图，在数据定位和表示方面具有完全的自由度。karyoploteR在Artistic-2.0许可下发布。源代码和文档可通过Bioconductor（http：//www.bioconductor.org/packages/karyoploteR）以及https://bernatgel.github.io/karyoploter_tutorial的示例和教程页面免费获得。
Data visualization is a crucial tool for data exploration, analysis and interpretation. For the visualization of genomic data there lacks a tool to create customizable non-circular plots of whole genomes from any species. We have developed karyoploteR, an R/Bioconductor package to create linear chromosomal representations of any genome with genomic annotations and experimental data plotted along them. Plot creation process is inspired in R base graphics, with a main function creating karyoplots with no data and multiple additional functions, including custom functions written by the end-user, adding data and other graphical elements. This approach allows the creation of highly customizable plots from arbitrary data with complete freedom on data positioning and representation. karyoploteR is released under Artistic-2.0 License. Source code and documentation are freely available through Bioconductor (http://www.bioconductor.org/packages/karyoploteR) and at the examples and tutorial page at https://bernatgel.github.io/karyoploter_tutorial.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btv562
发表时间：
2016-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Gel B;Díez-Villanueva A;Serra E;Buschbeck M;Peinado MA;Malinverni R
通讯作者：
Malinverni R
影响因子：
5.8
作者：
Orostica, Karen Y.;Verdugo, Ricardo A.
通讯作者：
Verdugo, Ricardo A.
RCIRCOS：Circos 2D轨道图的R包。
影响因子：
3
作者：
Zhang H;Meltzer P;Davis S
通讯作者：
Davis S
DOI：
10.1007/978-1-4939-3578-9_16
发表时间：
2016-01-01
期刊：
STATISTICAL GENOMICS: METHODS AND PROTOCOLS
影响因子：
--
作者：
Hahne, Florian;Ivanek, Robert
通讯作者：
Ivanek, Robert
影响因子：
12.3
作者：
Yin T;Cook D;Lawrence M
通讯作者：
Lawrence M