Genetics of the hippocampal transcriptome in mouse: a systematic survey and online neurogenomics resource.
Genetics of the hippocampal transcriptome in mouse: a systematic survey and online neurogenomics resource.
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DOI：
10.3389/neuro.15.003.2009
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发表时间：
2009
影响因子：
4.3
通讯作者：
Williams RW
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Overall RW;Kempermann G;Peirce J;Lu L;Goldowitz D;Gage FH;Goodwin S;Smit AB;Airey DC;Rosen GD;Schalkwyk LC;Sutter TR;Nowakowski RS;Whatley S;Williams RW
中枢神经系统基因表达的差异影响行为和疾病易感性。为了系统地探索正常表达变异对海马结构和功能的作用，我们为不同品系的小鼠生成了一个在线微阵列数据库，包括最常见的近交系和许多重组近交系（）。使用该资源，可以快速生成基因家族的共表达网络，以测试与功能相关的因果模型。该数据集针对数量性状基因座 (QTL) 作图进行了优化，并用于识别超过 5500 个调节 mRNA 水平的 QTL。我们描述了利用该资源的各种分析和新颖的合成方法，并演示了如何将数据和相关工具应用于海马体基因调控及其与结构和功能的关系的研究。
Differences in gene expression in the CNS influence behavior and disease susceptibility. To systematically explore the role of normal variation in expression on hippocampal structure and function, we generated an online microarray database for a diverse panel of strains of mice, including most common inbred strains and numerous recombinant inbred lines (). Using this resource, coexpression networks for families of genes can be generated rapidly to test causal models related to function. The data set is optimized for quantitative trait locus (QTL) mapping and was used to identify over 5500 QTLs that modulate mRNA levels. We describe a wide variety of analyses and novel synthetic approaches that take advantage of this resource, and demonstrate how both the data and associated tools can be applied to the study of gene regulation in the hippocampus and relations to structure and function.
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