Enhancer grammar in development, evolution, and disease: dependencies and interplay.
Enhancer grammar in development, evolution, and disease: dependencies and interplay.
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DOI：
10.1016/j.devcel.2021.02.016
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发表时间：
2021-03-08
影响因子：
11.8
通讯作者：
Farley EK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Jindal GA;Farley EK
每种语言都有描述该语言语法规则的标准书籍。生物学家已经在寻找类似的，尽管更复杂的，将增强子序列与基因表达联系起来的原理。我们引入依赖语法，增强子编码信息的基础上形成的机械，进化和生物约束增强子功能之间的依赖关系的模型。基于依赖性的类型对增强子进行分类可以识别将增强子序列与基因表达相关的统一原则。这样的规则将使我们能够阅读基因组内的发育指令，并确定疾病和进化变化背后的因果增强子变体。
Each language has standard books describing that language’s grammatical rules. Biologists have searched for similar, albeit more complex, principles relating enhancer sequence to gene expression. We introduce dependency grammar, a model where enhancers encode information based on dependencies between enhancer features shaped by mechanistic, evolutionary, and biological constraints. Classifying enhancers based on the types of dependencies may identify unifying principles relating enhancer sequence to gene expression. Such rules would allow us to read the instructions for development within genomes and pinpoint causal enhancer variants underlying disease and evolutionary changes.
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影响因子：
16
作者：
Cajigas I;Chakraborty A;Swyter KR;Luo H;Bastidas M;Nigro M;Morris ER;Chen S;VanGompel MJW;Leib D;Kohtz SJ;Martina M;Koh S;Ay F;Kohtz JD
通讯作者：
Kohtz JD
影响因子：
4
作者：
Barolo, Scott
通讯作者：
Barolo, Scott
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48
作者：
Diao Y;Fang R;Li B;Meng Z;Yu J;Qiu Y;Lin KC;Huang H;Liu T;Marina RJ;Jung I;Shen Y;Guan KL;Ren B
通讯作者：
Ren B
影响因子：
10.5
作者：
Catarino RR;Stark A
通讯作者：
Stark A
影响因子：
64.5
作者：
Berger, Michael F.;Badis, Gwenael;Hughes, Timothy R.
通讯作者：
Hughes, Timothy R.