Twin gradients in APOBEC3 edited HIV-1 DNA reflect the dynamics of lentiviral replication.
Twin gradients in APOBEC3 edited HIV-1 DNA reflect the dynamics of lentiviral replication.
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DOI：
10.1093/nar/gkl555
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发表时间：
2006
影响因子：
14.9
通讯作者：
Wain-Hobson S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Suspène R;Rusniok C;Vartanian JP;Wain-Hobson S
人类免疫缺陷病毒（HIV）Vif蛋白阻断两种宿主细胞胞苷脱氨酶APOBEC 3F和3G掺入到出芽病毒体中。毫不奇怪，在vif背景下，新生负链DNA可以被广泛编辑，留下多个尿嘧啶残基。根据酶的不同，编辑优先发生在TC（GA在正链上）和CC（GG）的背景下。为了探索APOBEC 3F和-3G编辑在整个基因组中的分布，计算了数据库中存在的一系列30个编辑的基因组的产物/底物比（AA + AG）/（GA + GG）。两个高度极化梯度均在中央多嘌呤束（cPPT）和LTR近端多嘌呤束（3′PPT）的5′处最大。梯度与负链DNA保持单链的时间非常一致。在体外分析的APOBEC 3G脱氨新生的cDNA跨越两个PPT显示没有显着的依赖PPT RNA：DNA异源双链排除竞争的假设PPT方向的影响。基因组之间的超突变程度变化平稳，表明包装的APOBEC 3分子的数量变化很大。
The human immunodeficiency virus (HIV) Vif protein blocks incorporation of two host cell cytidine deaminases, APOBEC3F and 3G, into the budding virion. Not surprisingly, on a vif background nascent minus strand DNA can be extensively edited leaving multiple uracil residues. Editing occurs preferentially in the context of TC (GA on the plus strand) and CC (GG) depending on the enzyme. To explore the distribution of APOBEC3F and –3G editing across the genome, a product/substrate ratio (AA + AG)/(GA + GG) was computed for a series of 30 edited genomes present in the data bases. Two highly polarized gradients were noted each with maxima just 5′ to the central polypurine tract (cPPT) and LTR proximal polypurine tract (3′PPT). The gradients are in remarkable agreement with the time the minus strand DNA remains single stranded. In vitro analyses of APOBEC3G deamination of nascent cDNA spanning the two PPTs showed no pronounced dependence on the PPT RNA:DNA heteroduplex ruling out the competing hypothesis of a PPT orientation effect. The degree of hypermutation varied smoothly among genomes indicating that the number of APOBEC3 molecules packaged varied considerably.
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DOI：
10.1084/jem.20051512
发表时间：
2006-01-23
期刊：
The Journal of experimental medicine
影响因子：
--
作者：
Peng G;Lei KJ;Jin W;Greenwell-Wild T;Wahl SM
通讯作者：
Wahl SM
影响因子：
14.9
作者：
Langlois MA;Beale RC;Conticello SG;Neuberger MS
通讯作者：
Neuberger MS
影响因子：
4.8
作者：
Klarmann, GJ;Chen, X;Preston, BD
通讯作者：
Preston, BD
影响因子：
3.7
作者：
WAINHOBSON, S;SONIGO, P;HENRY, M
通讯作者：
HENRY, M
影响因子：
64.5
作者：
Harris, RS;Bishop, KN;Malim, MH
通讯作者：
Malim, MH