SILVA: a comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB.
SILVA: a comprehensive online resource for quality checked and aligned ribosomal RNA sequence data compatible with ARB.
复制标题
DOI：
10.1093/nar/gkm864
复制
发表时间：
2007
影响因子：
14.9
通讯作者：
Glöckner FO
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pruesse E;Quast C;Knittel K;Fuchs BM;Ludwig W;Peplies J;Glöckner FO
测序核糖体RNA（RRNA）基因目前是系统发育重建，基于核酸的检测和微生物多样性定量的选择方法。 ARB软件套件及其相应的RRNA数据集已被全球研究人员接受为大规模RRNA分析的标准工具。但是，公开可用的rRNA序列数据的快速增加最近阻碍了维持全面和精心策划的RRNA知识数据库。实施了一个新的系统Silva（来自拉丁的Silva，Forest），为最新的质量控制数据库提供了中央综合的Web资源，来自细菌，古细菌和Eukarya域的质量控制的数据库。检查所有序列是否存在异常，携带丰富的序列相关的上下文信息，具有多个分类分类，并有效地描述了最新的术语。此外，还提供了与ARB兼容的两个预编译序列数据集在Silva网站上下载：（i）参考（参考）数据集，仅包括高质量，几乎全长序列，适用于深度的系统发育分析和探测器设计和（ii） ）具有所有公开可用的rRNA序列的综合PARC数据集超过适用于生物多样性分析的300个核苷酸。最新的公开数据库版本91（2007年8月）托管547 521序列分为461 823小亚基和85 689大型亚基RRNA。
Sequencing ribosomal RNA (rRNA) genes is currently the method of choice for phylogenetic reconstruction, nucleic acid based detection and quantification of microbial diversity. The ARB software suite with its corresponding rRNA datasets has been accepted by researchers worldwide as a standard tool for large scale rRNA analysis. However, the rapid increase of publicly available rRNA sequence data has recently hampered the maintenance of comprehensive and curated rRNA knowledge databases. A new system, SILVA (from Latin silva, forest), was implemented to provide a central comprehensive web resource for up to date, quality controlled databases of aligned rRNA sequences from the Bacteria, Archaea and Eukarya domains. All sequences are checked for anomalies, carry a rich set of sequence associated contextual information, have multiple taxonomic classifications, and the latest validly described nomenclature. Furthermore, two precompiled sequence datasets compatible with ARB are offered for download on the SILVA website: (i) the reference (Ref) datasets, comprising only high quality, nearly full length sequences suitable for in-depth phylogenetic analysis and probe design and (ii) the comprehensive Parc datasets with all publicly available rRNA sequences longer than 300 nucleotides suitable for biodiversity analyses. The latest publicly available database release 91 (August 2007) hosts 547 521 sequences split into 461 823 small subunit and 85 689 large subunit rRNAs.
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Ludwig, W;Strunk, O;Schleifer, KH
通讯作者：
Schleifer, KH
影响因子：
5.8
作者：
DeSantis, TZ;Dubosarskiy, I;Andersen, GL
通讯作者：
Andersen, GL
影响因子：
3.2
作者：
GIOVANNONI, SJ;DELONG, EF;PACE, NR
通讯作者：
PACE, NR
影响因子：
4.4
作者：
Ashelford, KE;Chuzhanova, NA;Weightman, AJ
通讯作者：
Weightman, AJ
影响因子：
2.9
作者：
Thompson, JD;Koehl, P;Poch, O
通讯作者：
Poch, O