PDBe aggregated API: programmatic access to an integrative knowledge graph of molecular structure data.
PDBe aggregated API: programmatic access to an integrative knowledge graph of molecular structure data.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btab424
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发表时间：
2021-11-05
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Velankar S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nair S;Váradi M;Nadzirin N;Pravda L;Anyango S;Mir S;Berrisford J;Armstrong D;Gutmanas A;Velankar S
PDBe聚合API是一种开放访问和开源的RESTful API，它通过80多个API端点提供对丰富的大分子结构数据及其功能和生物物理注释的编程访问。该应用编程接口由PDBe图形数据库(https://pdbe.org/graph-schema)，)支持，这是一种开放访问的集成知识图形，可用作发现工具来回答复杂的生物学问题。PDBe聚合API提供对PDBe图形数据库的最新访问，该数据库每周发布蛋白质数据库的最新数据，集成了来自UniProt、Pfam、Cath、SCOP和PDBe-KB合作伙伴资源的更新注释。所有可用的API端点及其描述的完整列表可在https://pdbe.org/graph-api.上获得Python3.6+API应用程序的源代码可在https://gitlab.ebi.ac.uk/pdbe-kb/services/pdbe-graph-api.上公开获取补充数据可在生物信息学在线上获得。
The PDBe aggregated API is an open-access and open-source RESTful API that provides programmatic access to a wealth of macromolecular structural data and their functional and biophysical annotations through 80+ API endpoints. The API is powered by the PDBe graph database (https://pdbe.org/graph-schema), an open-access integrative knowledge graph that can be used as a discovery tool to answer complex biological questions. The PDBe aggregated API provides up-to-date access to the PDBe graph database, which has weekly releases with the latest data from the Protein Data Bank, integrated with updated annotations from UniProt, Pfam, CATH, SCOP and the PDBe-KB partner resources. The complete list of all the available API endpoints and their descriptions are available at https://pdbe.org/graph-api. The source code of the Python 3.6+ API application is publicly available at https://gitlab.ebi.ac.uk/pdbe-kb/services/pdbe-graph-api. Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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影响因子：
8.6
作者：
Krivák R;Hoksza D
通讯作者：
Hoksza D
影响因子：
14.9
作者：
wwPDB consortium
通讯作者：
wwPDB consortium
DOI：
10.1038/80739
发表时间：
2000-11-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Gerstein, M
通讯作者：
Gerstein, M
影响因子：
14.9
作者：
Coker, Elizabeth A.;Mitsopoulos, Costas;Al-Lazikani, Bissan
通讯作者：
Al-Lazikani, Bissan
影响因子：
9.5
作者：
Waman VP;Sen N;Varadi M;Daina A;Wodak SJ;Zoete V;Velankar S;Orengo C
通讯作者：
Orengo C