Heterotypic Sam-Sam association between Odin-Sam1 and Arap3-Sam: binding affinity and structural insights.
Heterotypic Sam-Sam association between Odin-Sam1 and Arap3-Sam: binding affinity and structural insights.
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DOI：
10.1002/cbic.201200592
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发表时间：
2013-01-02
期刊：
影响因子：
3.2
通讯作者：
Leone, Marilisa
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mercurio, Flavia A.;Marasco, Daniela;Pirone, Luciano;Scognamiglio, Pasqualina L.;Pedone, Emilia M.;Pellecchia, Maurizio;Leone, Marilisa
关键词：
Arap 3是磷脂酰肌醇3激酶效应蛋白，其作为Arf 6和RhoA的GTP酶激活剂（GAP）发挥作用。Arap 3含有无菌α基序（Sam）结构域，其与EphA 2-受体的Sam结构域（EphA 2-Sam）具有高度序列同源性; Arap 3-Sam和EphA 2-Sam都能够与脂质磷酸酶Ship 2的Sam结构域（Ship 2-Sam）缔合。最近，我们报道了一种新的相互作用的第一个山姆域的奥丁（奥丁-山姆1），一个蛋白属于ANKS（ANKyrin重复和山姆域包含）家庭，和EphA 2-山姆。在当前的工作中，我们应用核磁共振（NMR）光谱、表面等离子体共振（SPR）和等温滴定量热法（ITC）来表征Arap 3-Sam和Odin-Sam 1之间的关联。我们发现，这两个山姆域相互作用的低微摩尔亲和力。此外，通过分子对接技术，NMR数据的支持下，我们表明，Odin-Sam 1和Arap 3-Sam可能绑定的拓扑结构，是常见的几个山姆-山姆复合物。揭示的结构细节形成了潜在的肽拮抗剂的设计的基础，其可用作化学工具来研究与异型Arap 3-Sam关联相关的功能方面。
Arap3 is a phosphatidylinositol 3 kinase effector protein that plays a role as GTP-ase activator (GAP) for Arf6 and RhoA. Arap3 contains a sterile alpha motif (Sam) domain that presents high sequence homology with the Sam domain of the EphA2-receptor (EphA2-Sam); both Arap3-Sam and EphA2-Sam are able to associate with the Sam domain of the lipid phosphatase Ship2 (Ship2-Sam). Recently, we have reported on a novel interaction between the first Sam domain of Odin (Odin-Sam1), a protein belonging to the ANKS (ANKyrin repeat and Sam domain containing) family, and EphA2-Sam. In the current work we apply Nuclear Magnetic Resonance (NMR) spectroscopy, Surface Plasmon Resonance (SPR) and Isothermal Titration Calorimetry (ITC) to characterize the association between Arap3-Sam and Odin-Sam1. We show that these two Sam domains interact with low micromolar affinity. Moreover, by means of molecular docking techniques, supported by NMR data, we demonstrate that Odin-Sam1 and Arap3-Sam may bind with a topology that is common to several Sam-Sam complexes. The unveiled structural details form the basis for the design of potential peptide-antagonists, that could be used as chemical tools to investigate functional aspects related to heterotypic Arap3-Sam associations.
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DOI：
10.1186/1478-811x-6-7
发表时间：
2008-10-09
期刊：
Cell communication and signaling : CCS
影响因子：
--
作者：
Emaduddin M;Edelmann MJ;Kessler BM;Feller SM
通讯作者：
Feller SM
影响因子：
20.3
作者：
Gambardella, Laure;Anderson, Karen E.;Vermeren, Sonja
通讯作者：
Vermeren, Sonja
影响因子：
4
作者：
Krugmann, S;Andrews, S;Hawkins, PT
通讯作者：
Hawkins, PT
影响因子：
5.7
作者：
Lee, Hyeong J.;Hota, Prasanta K.;Buck, Matthias
通讯作者：
Buck, Matthias
影响因子：
2.7
作者：
Rich, RL;Myszka, DG
通讯作者：
Myszka, DG