Global analysis of protein-RNA interactions in SARS-CoV-2-infected cells reveals key regulators of infection.
Global analysis of protein-RNA interactions in SARS-CoV-2-infected cells reveals key regulators of infection.
复制标题
DOI：
10.1016/j.molcel.2021.05.023
复制
发表时间：
2021-07-01
期刊：
影响因子：
16
通讯作者：
Castello A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kamel W;Noerenberg M;Cerikan B;Chen H;Järvelin AI;Kammoun M;Lee JY;Shuai N;Garcia-Moreno M;Andrejeva A;Deery MJ;Johnson N;Neufeldt CJ;Cortese M;Knight ML;Lilley KS;Martinez J;Davis I;Bartenschlager R;Mohammed S;Castello A
严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)导致2019年冠状病毒病(新冠肺炎)。SARS-CoV-2依靠细胞RNA结合蛋白(RBPs)进行复制和传播，尽管目前还很大程度上尚不清楚是哪种RBPs控制其生命周期。在这里，我们使用多组学方法系统和全面地鉴定与SARS-CoV-2感染有关的细胞和病毒限制性商业惯例。我们发现SARS-CoV-2感染深刻地重塑了细胞RNA结合的蛋白质组，包括对RNA代谢途径、非规范限制性商业惯例和抗病毒因子的广泛影响。此外，我们应用一种新的方法来识别与病毒RNA直接相互作用的蛋白质，发现了数十个细胞内限制性商业惯例和六种病毒蛋白。其中包括tRNA连接酶复合体的几个组分，我们发现它们调节SARS-CoV-2感染。此外，我们发现，针对与SARS-CoV-2RNA相互作用的宿主限制性商业惯例的现有药物可以抑制感染。总的来说，我们的结果揭示了一个新的宿主与病毒相互作用的宇宙，具有针对新冠肺炎的新的抗病毒疗法的潜力。SARS-CoV-2感染后1/3的RBPome重构体包括139个细胞RNPs和6个病毒RNPs。这些细胞RNPs的抑制作用阻碍了SARS-CoV-2的感染，tRNA连接酶复合体是SARS-CoV-2 Kamel等人的关键调控因子。应用多组学方法鉴定调控SARS-CoV-2感染的RNA结合蛋白。他们发现，RNA结合蛋白的补体在感染SARS-CoV-2时会发生重大重塑。他们还表明，病毒RNA与数十种细胞蛋白和6种病毒RNA结合蛋白相互作用。这些宿主和病毒的相互作用是SARS-CoV-2感染的基础，并具有针对新冠肺炎的新治疗方法的巨大潜力。
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) causes coronavirus disease 2019 (COVID-19). SARS-CoV-2 relies on cellular RNA-binding proteins (RBPs) to replicate and spread, although which RBPs control its life cycle remains largely unknown. Here, we employ a multi-omic approach to identify systematically and comprehensively the cellular and viral RBPs that are involved in SARS-CoV-2 infection. We reveal that SARS-CoV-2 infection profoundly remodels the cellular RNA-bound proteome, which includes wide-ranging effects on RNA metabolic pathways, non-canonical RBPs, and antiviral factors. Moreover, we apply a new method to identify the proteins that directly interact with viral RNA, uncovering dozens of cellular RBPs and six viral proteins. Among them are several components of the tRNA ligase complex, which we show regulate SARS-CoV-2 infection. Furthermore, we discover that available drugs targeting host RBPs that interact with SARS-CoV-2 RNA inhibit infection. Collectively, our results uncover a new universe of host-virus interactions with potential for new antiviral therapies against COVID-19. A third of the RBPome remodels upon SARS-CoV-2 infection Viral RNPs include 139 cellular and 6 viral RBPs Inhibition of these cellular RBPs hampers SARS-CoV-2 infection The tRNA ligase complex is a key regulator of SARS-CoV-2 Kamel et al. apply a multi-omic approach to identify the RNA-binding proteins that regulate SARS-CoV-2 infection. They discovered that the complement of RNA-binding proteins heavily remodels upon SARS-CoV-2 infection. They also show that the viral RNA interacts with dozens of cellular and six viral RNA-binding proteins. These host-virus interactions are fundamental for SARS-CoV-2 infection and have great potential for new therapeutic approaches against COVID-19.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu638
发表时间：
2015-01-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Anders S;Pyl PT;Huber W
通讯作者：
Huber W
影响因子：
4.4
作者：
Cox, Juergen;Neuhauser, Nadin;Mann, Matthias
通讯作者：
Mann, Matthias
影响因子：
14.8
作者：
Castello, Alfredo;Horos, Rastislav;Hentze, Matthias W.
通讯作者：
Hentze, Matthias W.
影响因子：
64.5
作者：
Bouhaddou, Mehdi;Memon, Danish;Krogan, Nevan J.
通讯作者：
Krogan, Nevan J.
影响因子：
2.5
作者：
Galluzzi L;Diotallevi A;Magnani M
通讯作者：
Magnani M