The structure of nontypeable Haemophilus influenzae SapA in a closed conformation reveals a constricted ligand-binding cavity and a novel RNA binding motif.
The structure of nontypeable Haemophilus influenzae SapA in a closed conformation reveals a constricted ligand-binding cavity and a novel RNA binding motif.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0256070
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Walsh MA
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lukacik P;Owen CD;Harris G;Bolla JR;Picaud S;Alibay I;Nettleship JE;Bird LE;Owens RJ;Biggin PC;Filippakopoulos P;Robinson CV;Walsh MA
无法分型的流感嗜血杆菌（NTHi）是呼吸道疾病和中耳炎的重要病原体。Sap（抗菌肽敏感性）ABC转运蛋白系统对于NTHi在体内的存活、定植和持续性很重要。目前的模型提出了一个直接的作用，在血红素和抗菌肽（AMP）的运输SAP。在这里，SapA的晶体结构，周质组分的SAP，在一个封闭的，配体结合的构象，提出。系统发育和空腔体积分析预测，小的疏水性SapA中心配体结合空腔最有可能被疏水性二肽或三肽占据。腔的体积不足以容纳血红素或折叠的AMP。SapA的晶体结构已经确定了与血红素和dsRNA的表面相互作用。血红素通过表面暴露的组氨酸与SapA弱结合（Kd 282 μM），而dsRNA通过构成保守基序一部分的残基进行配位（估计Kd 4.4 μM）。RNA亲和力福尔斯在观察到的表征RNA/蛋白质复合物的范围内。总体而言，我们以分子细节描述了SapA与血红素和双链RNA的相互作用，并提出了SapA在二肽或三肽转运中的作用。
Nontypeable Haemophilus influenzae (NTHi) is a significant pathogen in respiratory disease and otitis media. Important for NTHi survival, colonization and persistence in vivo is the Sap (sensitivity to antimicrobial peptides) ABC transporter system. Current models propose a direct role for Sap in heme and antimicrobial peptide (AMP) transport. Here, the crystal structure of SapA, the periplasmic component of Sap, in a closed, ligand bound conformation, is presented. Phylogenetic and cavity volume analysis predicts that the small, hydrophobic SapA central ligand binding cavity is most likely occupied by a hydrophobic di- or tri- peptide. The cavity is of insufficient volume to accommodate heme or folded AMPs. Crystal structures of SapA have identified surface interactions with heme and dsRNA. Heme binds SapA weakly (Kd 282 μM) through a surface exposed histidine, while the dsRNA is coordinated via residues which constitute part of a conserved motif (estimated Kd 4.4 μM). The RNA affinity falls within the range observed for characterized RNA/protein complexes. Overall, we describe in molecular-detail the interactions of SapA with heme and dsRNA and propose a role for SapA in the transport of di- or tri-peptides.
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DOI：
10.1107/s0907444905036693
发表时间：
2006-01-01
影响因子：
2.2
作者：
Evans, P
通讯作者：
Evans, P
DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
28.2
作者：
Gilsdorf, Janet R.
通讯作者：
Gilsdorf, Janet R.
影响因子：
6.4
作者：
Hsu, Chun-Ru;Chang, I-Wei;Wang, Jin-Town
通讯作者：
Wang, Jin-Town
DOI：
10.1107/s0907444904016427
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Blanc, E;Roversi, P;Bricogne, G
通讯作者：
Bricogne, G