Host cell factors in HIV replication: meta-analysis of genome-wide studies.
Host cell factors in HIV replication: meta-analysis of genome-wide studies.
复制标题
HIV复制中的宿主细胞因素：全基因组研究的荟萃分析。
DOI：
10.1371/journal.ppat.1000437
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发表时间：
2009-05
期刊：
影响因子：
6.7
通讯作者：
Chanda SK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bushman FD;Malani N;Fernandes J;D'Orso I;Cagney G;Diamond TL;Zhou H;Hazuda DJ;Espeseth AS;König R;Bandyopadhyay S;Ideker T;Goff SP;Krogan NJ;Frankel AD;Young JA;Chanda SK
我们已经分析了与HIV复制相关的宿主细胞基因，这些基因在九项全基因组研究中被鉴定，包括三项独立的siRNA筛选。siRNA筛选之间的重叠非常适度（对于任何成对组合<7%），并且类似地，在与其他类型的全基因组研究的成对比较中仅观察到适度的重叠。将全基因组研究中的所有基因与文献中报道的影响HIV的基因结合起来，产生了2，410个蛋白质编码基因，占所有人类基因的9.5%（当然其中一些是假阳性）。在这里，我们报告了一个研究之间所有重叠的“百科全书”（可在http://www.hostpathogen.org上获得），它产生了一组更广泛证实的宿主因子，有助于HIV复制。我们使用这些基因来计算精确的网络，该网络指定HIV招募的细胞子系统以协助复制，并提供额外的分析，指定作为潜在治疗靶点的有吸引力的宿主细胞基因。
We have analyzed host cell genes linked to HIV replication that were identified in nine genome-wide studies, including three independent siRNA screens. Overlaps among the siRNA screens were very modest (<7% for any pairwise combination), and similarly, only modest overlaps were seen in pairwise comparisons with other types of genome-wide studies. Combining all genes from the genome-wide studies together with genes reported in the literature to affect HIV yields 2,410 protein-coding genes, or fully 9.5% of all human genes (though of course some of these are false positive calls). Here we report an “encyclopedia” of all overlaps between studies (available at http://www.hostpathogen.org), which yielded a more extensively corroborated set of host factors assisting HIV replication. We used these genes to calculate refined networks that specify cellular subsystems recruited by HIV to assist in replication, and present additional analysis specifying host cell genes that are attractive as potential therapeutic targets.
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