SPdb--a signal peptide database.
SPdb--a signal peptide database.
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DOI：
10.1186/1471-2105-6-249
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发表时间：
2005-10-13
影响因子：
3
通讯作者：
Ranganathan S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Choo KH;Tan TW;Ranganathan S
信号肽在原核和真核细胞中的蛋白质靶向和蛋白质转位中起着重要作用。这种短暂的短肽序列就像信封上的邮政地址一样，通过靶向蛋白质进行分泌或转移到特定的细胞器进行进一步处理。了解信号肽的功能对于预测蛋白质的转运位置至关重要。为了支持这一理解，我们提出了SPdb信号肽数据库，一个实验确定和计算预测的信号肽库。SPdb整合了来自两个来源的信息：（a）Swiss-Prot蛋白质序列数据库，现在是UniProt的一部分;（B）EMBL核苷酸序列数据库。数据库更新是半自动的，人工检查和验证数据，以确保存储数据的正确性。最新版本的SPdb 3.2版包含18，146个条目，其中2，584个条目是经过实验验证的信号序列;其余15，562个条目是不符合我们的过滤标准的信号序列或包含未经验证的信号序列的条目。SPdb是一个人工管理的数据库，用于支持对信号肽的理解和分析。SPDB跟踪两个基础主要数据库的主要更新，从而确保其信息保持最新。
The signal peptide plays an important role in protein targeting and protein translocation in both prokaryotic and eukaryotic cells. This transient, short peptide sequence functions like a postal address on an envelope by targeting proteins for secretion or for transfer to specific organelles for further processing. Understanding how signal peptides function is crucial in predicting where proteins are translocated. To support this understanding, we present SPdb signal peptide database , a repository of experimentally determined and computationally predicted signal peptides. SPdb integrates information from two sources (a) Swiss-Prot protein sequence database which is now part of UniProt and (b) EMBL nucleotide sequence database. The database update is semi-automated with human checking and verification of the data to ensure the correctness of the data stored. The latest release SPdb release 3.2 contains 18,146 entries of which 2,584 entries are experimentally verified signal sequences; the remaining 15,562 entries are either signal sequences that fail to meet our filtering criteria or entries that contain unverified signal sequences. SPdb is a manually curated database constructed to support the understanding and analysis of signal peptides. SPdb tracks the major updates of the two underlying primary databases thereby ensuring that its information remains up-to-date.
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影响因子：
3.2
作者：
FLOWER, AM;DOEBELE, RC;SILHAVY, TJ
通讯作者：
SILHAVY, TJ
DOI：
10.1073/pnas.88.21.9751
发表时间：
1991-11-01
影响因子：
11.1
作者：
ANDERSSON, H;VONHEIJNE, G
通讯作者：
VONHEIJNE, G
影响因子：
5.6
作者：
NAKASHIMA, H;NISHIKAWA, K
通讯作者：
NISHIKAWA, K
影响因子：
14.9
作者：
Pruitt KD;Tatusova T;Maglott DR
通讯作者：
Maglott DR
影响因子：
5.6
作者：
Käll, L;Krogh, A;Sonnhammer, ELL
通讯作者：
Sonnhammer, ELL