A scored human protein-protein interaction network to catalyze genomic interpretation.

A scored human protein-protein interaction network to catalyze genomic interpretation.
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一个经过评分的人类蛋白质 - 蛋白质相互作用网络以促进基因组解读。

DOI:
10.1038/nmeth.4083
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发表时间:
2017-01
期刊:
影响因子:
48
通讯作者:
Lage K
Lage K
中科院分区:
生物学1区
文献类型:
--
作者:
Li T;Wernersson R;Hansen RB;Horn H;Mercer J;Slodkowicz G;Workman CT;Rigina O;Rapacki K;Stærfeldt HH;Brunak S;Jensen TS;Lage K

文献摘要

参考文献

被引文献

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基因组规模的人类蛋白质-蛋白质相互作用网络对于理解细胞生物学和解释基因组数据至关重要,但在实验上具有挑战性。通过数据整合和质量控制,我们提供了一个评分的人类蛋白质-蛋白质相互作用网络(InWeb_InBioMap或InWeb_IM),与可比资源相比,具有数倍的相互作用(> 500,000)和更好的功能生物学相关性。我们说明了InWeb_InBioMap能够对超过4,700个癌症基因组和自闭症相关基因进行功能解释。
Genome-scale human protein–protein interaction networks are critical to understanding cell biology and interpreting genomic data, but challenging to produce experimentally. Through data integration and quality control, we provide a scored human protein–protein interaction network (InWeb_InBioMap, or InWeb_IM) with severalfold more interactions (>500,000) and better functional biological relevance than comparable resources. We illustrate that InWeb_InBioMap enables functional interpretation of >4,700 cancer genomes and genes involved in autism.
DOI: 10.1186/1752-0509-6-92
发表时间: 2012-07-30
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Zack, Travis I.;Schumacher, Steven E.;Carter, Scott L.;Cherniack, Andrew D.;Saksena, Gordon;Tabak, Barbara;Lawrence, Michael S.;Zhang, Cheng-Zhong;Wala, Jeremiah;Mermel, Craig H.;Sougnez, Carrie;Gabriel, Stacey B.;Hernandez, Bryan;Shen, Hui;Laird, Peter W.;Getz, Gad;Meyerson, Matthew;Beroukhim, Rameen
通讯作者: Beroukhim, Rameen
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通讯作者: Olsen, Jesper V.
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通讯作者: Gygi SP