Co-transcriptional formation of DNA:RNA hybrid G-quadruplex and potential function as constitutional cis element for transcription control.
Co-transcriptional formation of DNA:RNA hybrid G-quadruplex and potential function as constitutional cis element for transcription control.
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DNA:RNA杂合G-四链体的共转录形成及其作为转录控制顺式元件的潜在功能
DOI：
10.1093/nar/gkt264
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发表时间：
2013-05-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Tan Z
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Zheng KW;Xiao S;Liu JQ;Zhang JY;Hao YH;Tan Z
基因组DNA中G-四链体的形成被认为调节转录。以往的研究主要集中在DNA携带四个或四个以上G-链形成的分子内G-四联体，很少有人在生理相关的过程中研究结构的形成。在这里，我们报告了一种几乎完全被忽视，但实际上更普遍的G-四链形式，DNA：RNA杂交G-四链(HQ)，它是在转录中形成的。HQ的形成只需要两个G-链，而非模板DNA链上需要四个。潜在的HQ序列(PHQS)存在于97%的人类基因中，平均每个基因有73个PHQS。HQ在体外和体内条件下调节转录。对人类组织的转录分析表明，基因的最大表达可能受到基因中PHQS数量的限制。这些特征表明，HQS可能在转录调控和其他转录介导的过程中发挥基础作用。
G-quadruplex formation in genomic DNA is considered to regulate transcription. Previous investigations almost exclusively focused on intramolecular G-quadruplexes formed by DNA carrying four or more G-tracts, and structure formation has rarely been studied in physiologically relevant processes. Here, we report an almost entirely neglected, but actually much more prevalent form of G-quadruplexes, DNA:RNA hybrid G-quadruplexes (HQ) that forms in transcription. HQ formation requires as few as two G-tracts instead of four on a non-template DNA strand. Potential HQ sequences (PHQS) are present in >97% of human genes, with an average of 73 PHQSs per gene. HQ modulates transcription under both in vitro and in vivo conditions. Transcriptomal analysis of human tissues implies that maximal gene expression may be limited by the number of PHQS in genes. These features suggest that HQs may play fundamental roles in transcription regulation and other transcription-mediated processes.
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G-四链体结构表征的生化技术：EMSA，DMS足迹和DNA聚合酶停止测定。
DOI：
10.1007/978-1-59745-363-9_5
发表时间：
2010
期刊：
Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
影响因子：
--
作者：
Sun, Daekyu;Hurley, Laurence H
通讯作者：
Hurley, Laurence H
影响因子：
16.6
作者：
Alzeer, Jawad;Vummidi, Balayeshwanth R.;Luedtke, Nathan W.
通讯作者：
Luedtke, Nathan W.
影响因子：
4.8
作者：
Todd, Alan K.
通讯作者：
Todd, Alan K.
影响因子：
7.3
作者：
Sun D;Hurley LH
通讯作者：
Hurley LH
影响因子：
3.7
作者：
Castle JC;Armour CD;Löwer M;Haynor D;Biery M;Bouzek H;Chen R;Jackson S;Johnson JM;Rohl CA;Raymond CK
通讯作者：
Raymond CK