Gene loops enhance transcriptional directionality.
Gene loops enhance transcriptional directionality.
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DOI：
10.1126/science.1224350
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发表时间：
2012-11-02
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Proudfoot NJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tan-Wong SM;Zaugg JB;Camblong J;Xu Z;Zhang DW;Mischo HE;Ansari AZ;Luscombe NM;Steinmetz LM;Proudfoot NJ
真核生物基因组被广泛转录，形成信使（m）和非编码（nc）RNA。由RNA聚合酶II（Pol II）产生的ncRNA通常起始于双向启动子（核小体耗尽的染色质），其以相反的方向合成mRNA和ncRNA。我们证明，积极转录的mRNA编码基因，通过采用基因环构象，限制分歧转录的ncRNA。由于基因环的形成依赖于与启动子和终止子共缔合的蛋白质因子（Ssu72），其失活导致启动子相关的趋异ncRNA（称为Ssu72限制性转录物（SRT））的合成增加。类似地，通过基因突变使单个基因环失活增强SRT合成。我们表明，基因环构象强制执行转录方向，否则双向启动子。
Eukaryotic genomes are extensively transcribed, forming both messenger (m) and noncoding (nc) RNAs. ncRNAs made by RNA polymerase II (Pol II) often initiate from bidirectional promoters (nucleosome-depleted chromatin) that synthesise mRNA and ncRNA in opposite directions. We demonstrate that actively transcribed mRNA encoding genes by adopting a gene loop conformation, restrict divergent transcription of ncRNAs. Since gene loop formation depends on a protein factor (Ssu72) that co-associates with both promoter and terminator, its inactivation leads to increased synthesis of promoter-associated divergent ncRNAs, referred to as Ssu72 restricted transcripts (SRT). Similarly, inactivation of individual gene loops by gene mutation enhances SRT synthesis. We demonstrate that gene loop conformation enforces transcriptional directionality on otherwise bidirectional promoters.
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DOI：
10.1126/science.1162253
发表时间：
2008-12-19
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Seila AC;Calabrese JM;Levine SS;Yeo GW;Rahl PB;Flynn RA;Young RA;Sharp PA
通讯作者：
Sharp PA
影响因子：
64.5
作者：
Keogh, MC;Kurdistani, SK;Krogan, NJ
通讯作者：
Krogan, NJ
影响因子：
16
作者：
Mapendano, Christophe K.;Lykke-Andersen, Soren;Jensen, Torben Heick
通讯作者：
Jensen, Torben Heick
影响因子：
64.5
作者：
Kim T;Buratowski S
通讯作者：
Buratowski S
影响因子：
64.5
作者：
Carrozza, MJ;Li, B;Workman, JL
通讯作者：
Workman, JL