Quantification of Interbacterial Competition using Single-Cell Fluorescence Imaging.
Quantification of Interbacterial Competition using Single-Cell Fluorescence Imaging.
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DOI：
10.3791/62851
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发表时间：
2021-09-02
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Septer AN
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Smith S;Septer AN
细菌间的竞争可以直接影响微生物群的结构和功能。这项工作描述了一种荧光显微镜方法，可用于在单细胞水平上可视化和量化不同菌株之间的竞争相互作用。本文描述的方案提供了在直立和倒置的荧光显微镜上制备载玻片的先进方法、活细胞和延时成像技术以及使用开源软件FIJI进行定量图像分析的方法。本文的方法概述了通过测量两个共孵育菌株的面积随时间的变化来量化共生费氏弧菌种群之间的竞争相互作用，这些菌株从稳定的质粒中表达不同的荧光蛋白。描述了在需要不同生长条件的细菌模型系统中优化该协议的替代方法。虽然本文所描述的试验使用的是针对费氏弧菌优化的条件，但这种方法具有很高的可重复性，可以很容易地适应于研究来自不同微生物组的可培养分离株之间的竞争。
Interbacterial competition can directly impact the structure and function of microbiomes. This work describes a fluorescence microscopy approach that can be used to visualize and quantify competitive interactions between different bacterial strains at the single-cell level. The protocol described here provides methods for advanced approaches in slide preparation on both upright and inverted epifluorescence microscopes, live-cell and time-lapse imaging techniques, and quantitative image analysis using the open-source software FIJI. The approach in this manuscript outlines the quantification of competitive interactions between symbiotic Vibrio fischeri populations by measuring the change in area over time for two coincubated strains that are expressing different fluorescent proteins from stable plasmids. Alternative methods are described for optimizing this protocol in bacterial model systems that require different growth conditions. Although the assay described here uses conditions optimized for V. fischeri, this approach is highly reproducible and can easily be adapted to study competition among culturable isolates from diverse microbiomes.
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影响因子：
9.8
作者：
Smith, William P. J.;Vettiger, Andrea;Foster, Kevin R.
通讯作者：
Foster, Kevin R.
影响因子：
64.5
作者：
Basler M;Ho BT;Mekalanos JJ
通讯作者：
Mekalanos JJ
影响因子：
4.4
作者：
Peterson, Brandon W.;Sharma, Prashant K.;Busscher, Henk J.
通讯作者：
Busscher, Henk J.
影响因子：
3.1
作者：
Ishikawa, Takahiko;Sabharwal, Dharmesh;Wai, Sun Nyunt
通讯作者：
Wai, Sun Nyunt
DOI：
10.1038/nrmicro2259
发表时间：
2010-01
期刊：
Nature reviews. Microbiology
影响因子：
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作者：
通讯作者：
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