The antigenic anatomy of SARS-CoV-2 receptor binding domain.
The antigenic anatomy of SARS-CoV-2 receptor binding domain.
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DOI：
10.1016/j.cell.2021.02.032
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发表时间：
2021-04-15
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Screaton GR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Dejnirattisai W;Zhou D;Ginn HM;Duyvesteyn HME;Supasa P;Case JB;Zhao Y;Walter TS;Mentzer AJ;Liu C;Wang B;Paesen GC;Slon-Campos J;López-Camacho C;Kafai NM;Bailey AL;Chen RE;Ying B;Thompson C;Bolton J;Fyfe A;Gupta S;Tan TK;Gilbert-Jaramillo J;James W;Knight M;Carroll MW;Skelly D;Dold C;Peng Y;Levin R;Dong T;Pollard AJ;Knight JC;Klenerman P;Temperton N;Hall DR;Williams MA;Paterson NG;Bertram FKR;Siebert CA;Clare DK;Howe A;Radecke J;Song Y;Townsend AR;Huang KA;Fry EE;Mongkolsapaya J;Diamond MS;Ren J;Stuart DI;Screaton GR
抗体对针对新冠病毒（SARS-CoV - 2）的免疫保护至关重要，其中一些已被紧急用作治疗药物。在此，我们鉴定出377种识别人类新冠病毒刺突蛋白的单克隆抗体（mAbs），并主要聚焦于80种结合受体结合域（RBD）的抗体。我们设计了一种由竞争数据驱动的方法来绘制RBD结合位点图谱。我们发现，尽管抗体结合位点广泛分散，但中和抗体的结合是集中的，几乎所有高效抑制性单克隆抗体（半数抑制浓度IC50 < 0.1μg/mL）都阻断受体相互作用，只有一种结合在N端结构域的独特表位的抗体除外。这些中和性单克隆抗体中有许多使用公共的V基因，并且接近种系。我们通过对19种抗原结合片段（Fab） - 抗原结构进行X射线晶体学和冷冻电子显微镜研究，剖析了这一大组抗体识别的结构基础。我们发现了一些高效抑制性抗体的新型结合模式，并证明了强中和性单克隆抗体在动物模型中具有预防或治疗保护作用。
绘制377种单克隆抗体图谱：80种识别RBD的抗体中有19种是强效中和剂；1种强效的N端结构域（NTD）结合剂
19种Fab - 抗原复合物结构；80种单克隆抗体在RBD上定位并聚类为5个表位
大多数强效单克隆抗体是血管紧张素转换酶2（ACE2）阻断剂，只需少量ACE2即可中和，一些Fab发生糖基化
单克隆抗体揭示了NTD结合、RBD结合模式和轻链（LC）优化的独特实例
德尼拉蒂赛（Dejnirattisai）等人对人类针对新冠病毒感染的抗体反应进行了深入研究。通过对从康复的新冠患者中获取的377种人类单克隆抗体进行特性分析，并确定19种蛋白质结构，他们构建了RBD上的抗体足迹图谱，详细描述了其抗原解剖结构。
Antibodies are crucial to immune protection against SARS-CoV-2, with some in emergency use as therapeutics. Here, we identify 377 human monoclonal antibodies (mAbs) recognizing the virus spike and focus mainly on 80 that bind the receptor binding domain (RBD). We devise a competition data-driven method to map RBD binding sites. We find that although antibody binding sites are widely dispersed, neutralizing antibody binding is focused, with nearly all highly inhibitory mAbs (IC50 < 0.1 μg/mL) blocking receptor interaction, except for one that binds a unique epitope in the N-terminal domain. Many of these neutralizing mAbs use public V-genes and are close to germline. We dissect the structural basis of recognition for this large panel of antibodies through X-ray crystallography and cryoelectron microscopy of 19 Fab-antigen structures. We find novel binding modes for some potently inhibitory antibodies and demonstrate that strongly neutralizing mAbs protect, prophylactically or therapeutically, in animal models. Map 377 mAbs: 19 of 80 recognizing the RBD are potent neutralizers; 1 potent NTD binder 19 Fab-antigen complex structures; 80 mAbs mapped on RBD and clustered into 5 epitopes Most potent mAbs are ACE2 blockers, neutralize with few ACE2s, some Fabs glycosylated mAbs reveal unique examples of NTD binding, RBD binding mode, and LC optimization Dejnirattisai et al. present an in-depth study of the human antibody response to SARS-CoV-2 infection. By characterizing 377 human mAbs from recovered COVID-19 patients, and determining 19 protein structures, they construct a map of antibody footprints on the RBD that describes in great detail its antigenic anatomy.
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DOI：
10.1107/s0907444904019158
发表时间：
2004-12-01
影响因子：
2.2
作者：
Emsley, P;Cowtan, K
通讯作者：
Cowtan, K
影响因子：
56.9
作者：
Cai, Yongfei;Zhang, Jun;Chen, Bing
通讯作者：
Chen, Bing
影响因子：
64.8
作者：
Ke, Zunlong;Oton, Joaquin;Briggs, John A. G.
通讯作者：
Briggs, John A. G.
DOI：
10.1107/s0907444906029799
发表时间：
2006-10-01
影响因子：
2.2
作者：
Aricescu, A. Radu;Lu, Weixian;Jones, E. Yvonne
通讯作者：
Jones, E. Yvonne
影响因子：
11.4
作者：
Caly, Leon;Druce, Julian;Catton, Mike G.
通讯作者：
Catton, Mike G.